Dichas conquistas lo convirtieron en el entrenador más exitoso en la historia de los mundiales juveniles.Pékerman llegó a jugar 134 partidos entre 1970 y 1974 en la Primera División de Argentina en los cuales convirtió 12 goles.[14] En 2005, la selección, bajo su mando obtuvo la clasificación a la Copa Mundial de Fútbol de 2006, y tiempo después logró el segundo puesto en la Copa FIFA Confederaciones 2005 tras perder la gran final contra el hasta ese entonces campeón del mundo Brasil.Entre el período 2007-2008 dirigió al Deportivo Toluca,[21] en la Ciudad del mismo nombre que es la capital del Estado de México haciendo una gran labor en su primera campaña con el equipo mexicano (Apertura 2007) llegando a la liguilla como 2° lugar en la tabla general siendo eliminado en cuartos de final por el equipo de la UNAM con un arbitraje polémico en contra de su equipo,[22] para el Torneo Clausura 2008 volvió a clasificar al equipo a la liguilla (5° lugar de la tabla general) volviendo a ser eliminados en cuartos de final con otro arbitraje muy polémico contra el Deportivo Toluca pero ahora a manos del Club San Luis.[23] José Néstor Pékerman llegó a los Diablos Rojos relevando en el cargo a su compatriota Américo Gallego, quien conquistó el Torneo Apertura 2005 en su primer campeonato al frente del equipo.El Club Toluca fue así el primer equipo profesional que dirigió José Néstor Pékerman en un cargo permanente, ya que anteriormente solo había dirigido interinamente a Argentinos Juniors por dos partidos por falta de entrenador.En su lugar se contrató al mexicano José Manuel Chepo de la Torre.[25] El equipo estaba en serios problemas de descenso y su misión era salvarlo, lográndolo en la última jornada del torneo.[28] Fue en Colombia donde se lesionó jugando para el Independiente Medellín, teniendo solo 8 años como jugador activo, lo que lo marginó como futbolista y, por consiguiente lo obligó a culminar con su carrera, además del nacimiento de una de sus hijas en Medellín, Colombia.Gracias a la excelente campaña que gestionó Pékerman con la Selección Colombia, logrando la clasificación al Mundial de la FIFA Brasil 2014, el presidente Juan Manuel Santos le ofreció por entrevista radial la nacionalidad colombiana, "como un gesto de agradecimiento en nombre de los 47 millones de colombianos al término del partido contra Chile en Barranquilla y por los lazos que lo unen al país", sin embargo no fue aceptada.[32] El sueño 'cafetero' terminó ante Brasil en esa instancia, que ganó (2-1) y puso fin a la participación de Colombia en la cita mundialista.[35] Luego en la Copa América Centenario 2016 el combinado colombiano sería eliminado en semifinales por Chile (futuro campeón del torneo) por 2-0.Finalmente Colombia quedó tercera tras vencer por un solitario gol a los Estados Unidos.El equipo tricolor tiene una fuerte liga local y cuenta con jugadores en las mejores ligas del mundo (tales como Italia, España, Inglaterra, Francia, Portugal, Alemania, Holanda y Brasil).Después de vencer a Bolivia vinieron tres derrotas: 1-4 con Uruguay, 0-3 ante Argentina y 0-1 contra Colombia.En septiembre cayó por el mismo resultado ante Islandia y después goleó 4-0 a Emiratos Árabes Unidos.En la última ventana de noviembre, empató 2-2 con Panamá y venció 2-1 a Siria.
José Néstor Pekerman en Argentinos Juniors en 1973.
