[1]​ Como técnico dirigió en dos oportunidades al Independiente Medellín, donde obtuvo los torneos Finalización 2009 y Apertura 2016.

Leonel se convertiría en un jugador sumamente importante para el medio campo del Burn por los siguientes dos años, sin embargo, finalizando en 1999 en que fue vendido al New England Revolution por Ariel Graziani.

Fue jugador mundialista en Italia (1990) y Estados Unidos (1994) apareciendo en un total de siete partidos.

[2]​ Se desempeñó como asistente técnico de la selección Colombia al lado del profesor Hernán Darío Gómez, desde 2010 en partidos amistosos, así como en la Copa América 2011, hasta la renuncia del profesor Hernán Darío Gómez en agosto de 2011.

Desde julio de 2012, Álvarez se vinculó como director técnico del club Itagüí,[3]​ donde logró una campaña sobresaliente.

El 8 de mayo de 2015, en el vídeo común del actual presidente del DIM, Eduardo Silva Meluk, da a conocer que vuelve a dirigir al Deportivo Independiente Medellín, este comenzó a dirigir al Equipo del Pueblo en la fecha 20 del Torneo Apertura y en los octavos de final de la Copa Colombia; El 31 de mayo, lleva al equipo a la final del Torneo Apertura tras remontar el partido contra el Deportes Tolima en los últimos 15 minutos que finalizaría con un 3-1.

Con estas contrataciones, logra ganar el campeonato y clasificar a la Copa Libertadores 2017 trayendo a un volante del Porto FC, Juan Fernando Quintero para disputar los próximos partidos del año que viene.

No obstante, para la siguiente temporada de 2016, jugadores importantísimos del DIM llegarán a incapacitarse, tal es el caso del delantero goleador, Leonardo Castro, quien tuvo que estar ausente por una lesión, cuya recuperación tardara 6 meses máximo, deja a leonel con pocos resultados buenos.

[5]​ A causa de esto, Leonel entra en una dura discusión con los directivos del Equipo Del Pueblo S. A., exigiéndoles las razones de que porque no le habían traído los jugadores que él solicitó.

En su primer paso por el Dorado dirigió veintiséis partidos, que le dejaron como balance: once triunfos, nueve empates y seis derrotas, para un rendimiento del 53 %.