Regresa al año siguiente a dirigir en las categorías inferiores de Academia donde permanece por 3 temporadas.
[3] Esta tarea la tuvo al tiempo que compaginaba sus labores como asistente técnico de la mayor.
[6] En la Copa Sudamericana 2023, el equipo tiburón perdió 1-0 con Deportes Tolima y fue eliminado en la primera fase de la competencia.
[7] En la Liga Betplay 2023 I, Junior cumple una lamentable campaña que le deja en la fecha 8 como colero del torneo.
[8]En la Superliga de Colombia 2024, Junior perdió en el global 2-1 con Millonarios y no pudo conseguir el trofeo.