Cuando los frailes franciscanos arribaron a Guatemala provenientes de España en 1530, les fueron asignadas 120 villas para catequizar.
Esta capilla fue destruida en 1575 por un terremoto y durante los siguientes diez años se hicieron colectas para construir el nuevo complejo, a dos cuadras del anterior.
[1] El complejo franciscano se convirtió en un importante centro cultural y religioso para todo el Reino de Guatemala: teólogos, juristas, filósofos, físicos y matemáticos estudiaron en su colegio de San Buenaventura, que estaba ubicado en donde actualmente están las ruinas del monasterio.
[4] Los terremotos de Santa Marta en 1773 dañaron severamente el complejo, pero los vecinos construyeron la capilla de San Francisco en 1774, la cual permaneció abierta al culto en lo que ahora se llamó Antigua Guatemala.
En 1874, la ciudad fue nuevamente afectada por un grave terremoto, que daño el edificio aún más.
También, se reportaba que había muchos devotos que asistían a la capilla que encuentra al norte de la Iglesia, pues dicha capilla ya había sido restaurada para servir de templo pues en ella existían los despojos mortales del Hermano Pedro de San José Betancurt.
Se compone de tres calles y cinco cuerpos con nichos ocupados por santos franciscanos.
En el arco central, en la hornacina del tímpano está una imagen de la Virgen María de yeso y sobre el arco está el águila bicéfala del emperador Carlos V.
[8] Adyacente a la construcción se encuentran las ruinas del antiguo convento.