Cerca de tres mil edificios fueron dañados incluyendo varias iglesias.
En esa época, el dominio de la Iglesia católica sobre los vasallos de la corona española era absoluto y esto hacía que cualquier desastre natural fuera considerado como un castigo divino.
[5] Además de los daños ocasionados por los sismos, los ríos que pasaban por la ciudad se desbordaron pues sus cauces ser obstruyeron con restos de los edificios y con material que cayó por la erupción, lo que provocó una seria inundación en la ciudad.
[5][2] Estos terremotos hicieron pensar a las autoridades en trasladar la ciudad a un nuevo asentamiento menos propenso a la actividad sísmica; los vecinos de la ciudad se opusieron rotundamente al traslado, e incluso tomaron el Real Palacio en protesta al mismo.
El obispo pretendía que el rey lo nombrara presidente de la Audiencia, pero no lo consiguió, pues por real cédula se agradeció al presidente Rodríguez su labor en la reconstrucción de la ciudad, y no se autorizó el traslado de la misma.