La Guerra del Mixtón se extendió de manera ininterrumpida hasta el final del s.XVI, enlazándose de manera ininterrumpida con el periodo conocido como las Guerras Chichimecas, aunque los cronistas españoles lo dividieron en dos episodios históricos distintos.Durante esa época, varios pueblos indígenas ya habían sido conquistados previamente por los españoles, pero unidos rehusaron el sometimiento y se levantaron en armas.De acuerdo a las versiones de los cronistas españoles se celebró una especie de aquelarre dirigido por “viejas hechiceras” quienes invocaron al diablo, se le llamó tlatol y fue interpretado como la "palabra siniestra del diablo",[7] el propio virrey Mendoza escribió que "algunos indios con los que se entrevistó le habían dicho ser mensajeros del diablo, el cual se llamaba Tecoroli, y le comunicaron que éste traía consigo resucitados a los antepasados indígenas".El huehuehtlahtolli, era la antigua palabra, o discursos pronunciados por los ancianos y los sabios.[10] Hubo diversas reuniones posteriores donde se escuchó el tlatol, en Xuchipila, Nochistlán y Teocaltiche.[11] En las cercanías de Etzatlán y Tecuila, el fraile franciscano Juan de Calero intentó dialogar con ellos para conseguir la paz, pero como respuesta lo atacaron y mataron con flechas diciendo "¡Ya no nos predicarás más cosas del cielo ni del infierno, ni queremos tu doctrina!".Los indígenas partieron de los poblados españoles y se fortificaron en el Mixtón.En defensa de su causa, su lema fue ”totenan, totzacuil” (del náhuatl: nuestro muro, nuestro amparo), y bajo el grito de guerra “¡Axcan quema, tehuatl, nehuatl!” (del náhuatl: ¡hasta tu muerte o la mía!El requerimiento fue leído repetidas veces, pero los rebeldes hicieron caso omiso a la lectura.La victoria del primer encuentro animó a los rebeldes, y los españoles decidieron replegarse en Yahualica.Alvarado comandó los siguientes asaltos, sin lograr el éxito, pues fue repelido en varias ocasiones.Los alzados, que obviamente no entendían lo que se les decía, y por ende hacían caso omiso de esa advertencia se burlaban del documento, motivo por el cual, los españoles consideraban el enfrentamiento como "guerra justa", de tal forma que bajo las leyes españolas, castigos, ejecuciones y aperreamientos fueron legales[23] Fueron varios los principales sentenciados a morir en la horca, y muchos los esclavizados.Tomada la plaza, el virrey De Mendoza se dirigió finalmente al Mixtón, fortaleza montana que fue atacada con violencia por los españoles y pueblos aliados en 1542.Los caxcanes pidieron ver a su líder pues no confiaban en la palabra de Ibarra.[27] Después de la breve tregua, Mendoza volvió al ataque leyendo nuevamente el requerimiento en repetidas ocasiones, los guerreros contestaron "Que, ¿qué paz querían?[28] No se consiguió una paz duradera, y los rebeldes mantuvieron acciones de guerrilla durante casi diez años más.En 1551 Tenamaztle se entregó al obispo de Guadalajara Pedro Gómez Maraver.[32] Un documento firmado por Tenamaztle explica los hechos previos y las reacciones hasta el momento en que su pueblo tuvo que huir a los montes en su legítima defensa, comportamiento que los españoles en Nueva España llamaron, "usando mal la propiedad de los vocablos, en todas las Indias, contra el Rey levantarse”, pretendiendo así una “guerra justa” para desposeer a los naturales.Coras, huicholes, tepehuanes, y mexicaneros perduraron en actitud de resistencia durante los años siguientes, período que es conocido como la Guerra Chichimeca.
Códice Telleriano-Remensis
durante el año 10-casa (1541), se indica la muerte de
Pedro de Alvarado
junto al glifo del sol (
Tonatiuh
), apodo por el que fue conocido debido a su cabello rubio; a su lado un fraile bautizando a un
chichimeca
. En la parte inferior se representa a
Nochistlán
, rodeada por un río y con el glifo de un nopal con tunas (
nochiztli
). Sobre el montículo
Francisco Tenamaztle
se enfrenta contra el virrey
Antonio de Mendoza
, quien es representado por un maguey (
me-tl
) y una
tuza
, es decir
metuza
=
Mendoza
. También se aprecia un pequeño halcón, el cual hace alusión al capitán Falcón.