En la temporada 2011/12 recibió el Trofeo Zarra, premio otorgado al máximo goleador español de LaLiga, logró su segundo hat-trick oficial y, además, alcanzó el récord de máximo goleador del Athletic Club en Liga Europa.
[8][9] Fernando se incorporó al Athletic Club de Bilbao a los once años.
En la temporada 2003-04, con dieciocho años, fue incorporado al Club Deportivo Basconia, segundo filial del Athletic en Tercera División.
Incluso durante su estancia en el Juvenil, el Arsenal F. C. intentó llevárselo a Londres, pero la elección del nuevo presidente, Fernando Lamikiz, impidió su salida y concilió la situación.
Antes de finalizar la campaña, con 4 goles anotados en 16 encuentros disputados, fue ascendido a la primera plantilla del Athletic Club.
El Athletic estuvo luchando durante toda la temporada por mantenerse en Primera División, objetivo que se consiguió en la penúltima jornada.
[16] Durante la temporada jugó tres partidos de Copa del Rey, en los que logró dos goles frente al C.E.
Asistió a Yeste, tras una gran acción individual bordeando la línea de fondo, que marcó el definitivo 1-0 con la derecha.
El segundo, contra el Real Madrid en San Mamés que solo sirvió para maquillar el resultado (1-4).
Comenzó la campaña logrando dos tantos en la fase previa de la Liga Europa ante Young Boys y Tromsø.
En total anotó 22 goles, siendo el máximo goleador del equipo en todas las categorías oficiales de la temporada.
[38] Para la temporada 2010-11, Llorente venía de ganar la Copa Mundial en Sudáfrica con la selección española.
[42] El 28 de enero, logró su segundo hat-trick frente al Rayo Vallecano, triplete que no conseguía desde hacía siete años en un partido oficial y el primero en La Liga.
[59] Entró al campo en el minuto 69', en sustitución de Isma López, y en el minuto 70' marcó el gol del empate a dos tras la asistencia de Iker Muniain en un partido que acabó con una igualada a tres goles.
[74][75] Inició su segunda campaña en el equipo italiano como titular, pero fue perdiendo protagonismo en favor de Álvaro Morata.
[78] Finalmente, llegó un acuerdo para rescindir su contrato y marchar libre al Sevilla FC en los últimos días de agosto.
[84] Este gol permitió al equipo acceder a los dicesiesavos de la Liga Europa.
Un gol suyo de cabeza permitió ganar al Everton (1-0) en la jornada 36 y colocarse en 17.º lugar.
[97][98] El 21 de mayo, ya sin nada en juego, marcó el tanto del triunfo en el minuto 86 ante el West Bromwich Albion para lograr su 15.º gol en la Premier League 2016-17.
[104] El 13 de enero, Harry Kane se lesionó el tobillo izquierdo, por lo que las oportunidades del delantero aumentaron en gran medida.
[110][111] Saltó al campo tras el descanso, con 2-0 en contra, y realizó una gran trabajo que facilitó la remontada del club londinense.
[119][120] Sin embargo, seis meses después quedó libre tras jugar catorce partidos y marcar un gol.
[125] Se convirtió en un habitual en las selecciones sub-20 y sub-21, con la que también disputó los partidos clasificatorios para la Eurocopa Sub-21 de 2006 junto a Puerta, Albiol, Moyá, Arbeloa o Iniesta, entre otros.
[138][139] La victoria se la llevó España con un resultado de 3-1, con doblete para Fernando que marcaba su quinto y sexto gol.
Este gesto fue repetido por todos los jugadores, excepto Llorente que ya la había donado, en un amistoso contra China.
Domina el juego aéreo, los tiros lejanos, sabe moverse en espacios pequeños y es fino con el balón en los pies.
Cuando se sacó la jugada personal, seguida por otras, frente al Real Zaragoza[17][18] le compararon con Sarabia, el cual dice que Llorente «tiene una gran capacidad para bajar de espaldas balones imposibles, con los contrarios muy cerca, y luego jugarlos de cara.
[156] Según dice Iniesta: «Tiene una facilidad innata para encontrar el espacio, imponer su físico y tocar la pelota.
[8] Para Bielsa: «Llorente es un futbolista referencial, con gol, buena técnica y juego aéreo»».
[159] En su vida sentimental está casado con María Lorente, su novia donostiarra desde la adolescencia, una médica que trabaja en el Hospital de Basurto.