También se le achaca a la distribución lineal del poblado primigenio, entre las peñas y el río.
En las documentaciones más antiguas, aparecen las siguientes formas y variantes al-Funs en 888; Funis en 1033; Funes en 1036; Funs en 1158; Funnes en 1268; Funibus en 1312.
Los restos y vestigios la sitúan en el tiempo de la dominación romana, por cuanto existen restos hallados y excavados de una importante bodega, precisamente a las orillas del río que dio nombre a la península ibérica; también restos importantes de domus o asentamientos en diferentes localizaciones, dentro del término, así como enterramientos.
Tuvo una importante aljama judía favorecida por el rey Sancho el Sabio en 1171, que fue arruinada en los disturbios de 1328.
En 1378 fue asolada por el ejército castellano, y quedó un tiempo deshabitada pues el vecindario emigró en su totalidad a Peralta.