Desde los 8 años de edad estuvo vinculado a las categorías inferiores del Athletic Club.

A comienzos de 1993, con 19 años recién cumplidos, fue llamado por Javier Clemente para debutar con la selección española.

Su récord como goleador lo consiguió en la temporada 1993/94, llegando a marcar 18 goles en 36 partidos de Liga.

En 1995, cuando muchos de los grandes equipos de Europa seguían al jugador vasco para incorporarlo a sus filas, el Athletic Club logró que Guerrero firmara un histórico contrato por el que quedaba ligado al club hasta el año 2007.

El Athletic rechazaba así ofertas de equipos como el Real Madrid,[6]​ Barcelona,[7]​ Lazio[8]​ o el AC Milan, que estaban dispuestos a pagar la cláusula de rescisión y a ofrecerle un cheque en blanco.

En la Liga de Campeones 1998-99, anotó un gol histórico en Delle Alpi ante la Juventus al borde del descanso.

[14]​ El protagonismo de Julen Guerrero dentro del equipo rojiblanco, cayó súbitamente en la temporada 1999/00, cuando el entrenador Luis Fernández lo relegó a la suplencia en algunos partidos.

En su carrera deportiva, completó 14 temporadas y 372 partidos en la Primera División de España, marcando 101 goles.

Vistió la camiseta nacional 41 partidos en los que logró 13 goles, incluyendo dos tripletas frente a Malta y Chipre.

[27]​ También acudió en 12 ocasiones y anotó 6 goles, en los partidos amistosos disputados por la selección vasca.

No perdía la concentración y, en muchas ocasiones, aparecía cuando el equipo más lo necesitaba.

Esto hacía que no fuera extraño verle sorteando rivales con un estilo único y efectivo, sin excesivas florituras.

Por otra parte, su golpeo de balón fue un punto fuerte que no perdió según avanzaron los años.