Mantuvo la mayor parte de las líneas ferroviarias en la región andaluza, aunque también poseyó una pequeña línea que unía Murcia y Alicante.[1] En el momento de su fundación contaba con las siguientes líneas: Córdoba-Málaga, Granada-Bobadilla, Sevilla-Cádiz, Jerez-Bonanza, Utrera-Osuna y Osuna-La Roda.[8] A la altura de 1880 los Ferrocarriles Andaluces atravesaban una buena racha económica, y con un segundo ejercicio muy aceptable.El mayor rendimiento económico procedía de la línea Sevilla-Jerez-Cádiz, debido a la llanura existente que permitía un rápido desplazamiento.Este trazado se proyectó como una alternativa al trayecto Linares-Córdoba, también en manos de MZA.[11] MZA finalizó su expansión por el sur tras la compra de los derechos para construir el ferrocarril Sevilla-Huelva, en 1877.Entrado el siglo XX, la situación económica no fue mejor y la compañía tuvo que vender las Minas de Belmez en 1900, las cuales fueron a parar a la Sociedad Minera y Metalúrgica de Peñarroya (SMMP) junto con todas las instalaciones.En la línea Córdoba-Málaga se sustituyó el primitivo raíl, como primer paso para la renovación de las vías en la amplia red que entonces alcanzaba los 1083 km.La medida no supuso una mejora en las cuentas de «Andaluces», pues significó otra importante carga económica.«Andaluces» llegó a ser considerada la tercera compañía ferroviaria más grande del país, tras MZA y Norte.[20] Sin embargo, a pesar de la incautación estatal, la compañía mantuvo su identidad financiera y contable.En el anexo del beneficio porcentual se aprecia un descenso constante a medida que avanza la explotación de la red.El golpe definitivo para las cuentas de la compañía llegó con las importantes pérdidas en 1935, que provocaron la incautación estatal al año siguiente.
