Esto suponía reorganizar las infraestructuras ferroviarias de acceso a Málaga y prepararlas para la llegada del nuevo trazado.La antigua estación del siglo XIX no era adecuada para dicho fin, por lo que se apostó por levantar una nueva y desmantelar las antiguas instalaciones.[n.2] Las obras comenzaron en 2003, desmontándose la histórica marquesina y reorganizándose el antiguo recinto ferroviario.Las otras seis vías existentes son de ancho ibérico.La vía 9 constituye un caso aparte pues no llega hasta los andenes estación, sino que constituye el ramal de mercancías de acceso al puerto, que pasa sobre las últimas vías —las soterradas 10 y 11—, por las que circulan los servicios de cercanías.Anteriormente contaba con una bolera de la franquicia Vid Bowling, pero en 2015, fue convertida en un supermercado Mercadona.Durante el verano de 2013 se puso en servicio el AVE directo sin pasar por Madrid a Valencia-Joaquín Sorolla, el cual sigue funcionando actualmente.El Alaris Barcelona-Málaga, sustituto de la rama malagueña del Arco García Lorca, y el Estrella Picasso Bilbao-Málaga fueron suprimidos en 2013; el primero fue sustituido por un enlace entre el Talgo Torre del Oro Barcelona-Sevilla y un AVE Madrid-Málaga en Córdoba, mientras que el segundo lo sería por el Alvia Picasso.En 2022 se inauguró la línea Avant directa con la estación de Granada.
La antigua estación de «Andaluces» en Málaga, en una imagen de los años 1940.
Esquema de vías de Málaga-María Zambrano.
Tres trenes de alta velocidad en los andenes de la estación.
Vista de los andenes subterráneos de Cercanías (vías 10 y 11).
