Inaugurada en 1880,[2] en su momento constituyó la segunda línea férrea que llegaba a Huelva tras el ferrocarril de Riotinto.Desde 1859 hubo varios proyectos para la construcción de una línea férrea que uniera Sevilla con Huelva, aunque no sería hasta 1869 en que el Estado otorgara una concesión para tal fin al empresario francés Carlos Lamiable y Watrin.El proyecto del ferrocarril entre Sevilla y Huelva, sin embargo, no terminó de arrancar por las batallas legales que siguieron a dicha concesión.El consorcio británico que se había hecho con las minas de Riotinto, en 1873, presentó objeciones al ramal ya que el Estado les había otorgado el derecho a construir un ferrocarril.Cabe señalar que unos años antes esta empresa ya se había hecho fuerte en el valle del Guadalquivir tras anexionarse la línea Córdoba-Sevilla.[6][7] La construcción de la línea transcurrió entre 1875 y 1880,[8] período durante el cual se produjeron numerosos retrasos en las mismas.[9][10] Desde su puesta en marcha la línea tuvo un tráfico mixto de pasajeros y mercancías.Aunque esta no había sico concebida con un carácter eminentemente minero, lo cierto es que a lo largo de su trayecto llegó a estar enlazada con varios trazados procedentes de minas.[12] Debido a ello, se construyó un ramal ferroviario que enlazaba el Polo Químico con el trazado Sevilla-Huelva.Varias décadas antes también se habían inaugurado sendos apeaderos en Niebla y San Juan del Puerto, que sustituían a las estaciones originales.