Se le denomina como la «Capilla Sixtina del renacimiento español» por las pinturas mitológicas desnudas, únicas en una catedral europea, que alberga en la cabecera y en el cimborrio, redescubiertas tras su gran restauración (1985-2011) y ocultas durante siglos.
Este influjo se confirma con la semejanza en muchos detalles entre estos ambos edificios.
[8] En la torre de la catedral se pueden diferenciar tres estilos artísticos: el cuerpo inferior de piedra, gótico; la parte central, hasta la altura del reloj, mudéjar, realizada en ladrillo entre 1496 y 1497 por Alí Darocano; y la parte superior, renacentista, formada por dos cuerpos también de ladrillo —uno cuadrado y otro octogonal, este último a su vez dividido en dos pisos— realizados por Juan Guaza y Juan Villanueva a partir de 1588.
El cuerpo inferior está formado por ocho hornacinas separadas por columnas y decoradas con estatuas de los apóstoles.
Son muy singulares unas pinturas en grisalla que representan personajes bíblicos desnudos.
El paso del cuerpo cuadrado al octogonal se realiza mediante trompas en forma de concha, con ventanales.
En la parte superior está la linterna y una bóveda en forma de estrella.
Está cubierto por bóveda de crucería y hay ventanales hacia el jardín interior.
Las celosías tienen singulares elementos decorativos, que incluyen animales fabulosos, escenas bucólicas e imágenes religiosas.
En él se halla un retablo barroco que fue realizado a principios del siglo XVIII.
Todas estas pinturas son del siglo XVII, de la escuela italiana.
En esta capilla también se encuentra el retablo realizado por Juan de Moreto.
[15][16] La capilla de Santiago el Mayor fue terminada en 1497 y pertenece al gótico flamígero.
Su autor es desconocido pero algunos lo han atribuido a Pedro Díaz de Oviedo.
La escultura que se encuentra en la hornacina central es la Virgen de la Huerta y fue realizada por Pere Johan en el siglo XV.
Sobre este púlpito hay un tornavoz tallado en madera de estilo plateresco.
La ornamentación está formada por tracerías, roleos, motivos vegetales, ángeles, músicos y animales fantásticos.
La reja que lo cierra es del siglo XVII y a sus lados hay pinturas de Vicente Berdusán de 1696 que representan a san Juan Bautista y san Andrés.
[23][24] El archivo capitular o catedralicio cuenta entre sus fondos con 168 manuscritos y 258 incunables.