En 1423, ya con el aspecto mudéjar con que, en lo fundamental, conocemos el templo actualmente, el pontífice aragonés Benedicto XIII, el llamado «Papa Luna» la elevó al rango de Colegiata.
Fue edificado de planta octogonal sobre trompas y presenta en su exterior ventanas ajimezadas con decoraciones platerescas.
La primera fábrica había desarrollado un proceso constructivo en el que las obras avanzaron desde los ábsides, en la cabecera del templo, hasta la torre mudéjar, en los pies del templo; ahora, siguiendo el sentido inverso, las obras retornarán desde las naves hacia la cabecera.
Casi todos los techos mudéjares son artesonados, esto es, elementos meramente decorativos.
Se la ha llamado la «capilla sixtina» del arte mudéjar, por su gran valor arquitectónico y pictórico.
Los análisis realizados en la última restauración indican la de 1265, como la fecha aproximada en la que se cortó la madera utilizada para su construcción.
Algún desperfecto sufrió en los bombardeos de la Guerra Civil, pero fue restaurada (aunque con imágenes no muy afortunadas, que delatan su procedencia moderna) y lo que contemplamos, con esa pequeña excepción, es una extraordinaria obra pictórica anterior a 1300.
Alrededor del año 1700, la cabecera gótica se modifica para realizar una girola.
Asimismo (y como dijimos) se modificó la ornamentación para adecuarla a los gustos neoclásicos, ocultando tras el falso techo del XVIII la techumbre original mudéjar, lo que permitió que se conservara la pintura.