Ha sido una diócesis de gran importancia estratégica, pues sus dominios ocupaban territorio de tres reinos distintos, Castilla, Navarra y Aragón.Por un lado Benedicto XIII, el papa luna, que nació en Illueca, localidad de la diócesis.Por otro lado Calixto III y Alejandro VI, ambos papas de la casa Borgia, término italiano para referirse a la casa Borja, municipio aragonés también de la diócesis.Tras la invasión árabe la diócesis desapareció, pero fue restaurada en el siglo XII cuando son reconquistados sus territorios por el rey Alfonso I de Aragón.En 1130 el Concejo de Burgos impuso algunas variaciones territoriales a la diócesis, dándole la conformación geográfica que se mantuvo inalterada hasta 1956.En el momento inmediatamente posterior a la reconquista de la ciudad se empezó a construir la actual catedral, que en el siglo XIV, durante la guerra de los dos Pedros, sufrió importantes daños y como consecuencia de ello tuvieron que realizarse importantes obras.Según cifras oficiales, durante el curso 2018-2019 se formaron 6 seminaristas en el Seminario Mayor diocesano.
