Finalmente en el siglo XVIll se da inicio a la última etapa constructiva de la Catedral.Se dice que originalmente la catedral tenía 16 retablos o altares, sin embargo en la actualidad solo posee los 4 Altares mayores decorados con finos acabados de madera tallada y recubiertos con láminas de oro, otros con hermosas pinturas y otros están adornados con bellas imágenes.Las ocho imágenes que están repartidas en el templo también fueron donación de Felipe III de España lo mismo que el crucificado también donado a la alcaldía en 1620 también realizado por el escultor jienense Ocampo.[3] Dichos retablos han tenido que ser restaurados en más de una ocasión debido a que han sufrido el paso de los años, esto ha llevado a necesitar mucha inversión en su preservación.El órgano que posee cual llegó a la ciudad el 7 de diciembre de 1887 estrenado en la catedral, se mando a traer para que este acompáñese al coro durante las misas.Las calles están divididas verticalmente por columnas adosadas y horizontalmente por cornisas formando cuatro pisos.Sin embargo este fue clausurado en el siglo XIX para dar paso a la creación de un jardín.Durante la restauración del mismo se descubrió que hubo una sucesión de 3 jardines, que subió el nivel del patio, hasta cubrir casi en un 25% de los portales.del lado izquierdo se encuentra su patio lateral, su entrada principal es el portón al lado del campanario, este fue restaurado a inicios de la década de los 2000.En la torre de la catedral también se encuentra el reloj más antiguo de América, construido por los árabes en España durante el periodo del Imperio Almorávide presuntamente alrededor del año 1100.El mecanismo del reloj se basa en engranajes, cuerdas, pesas y un péndulo, todo el conjunto muestra la hora en el dial ubicado en la fachada de la iglesia donde el número 4 en números romanos se muestra como IIII y no como IV.Existe un conflicto entre sí es o no el más antiguo del planeta, su contendiente es un reloj encontrado en Inglaterra y se alega que es el más antiguo, sin embargo, está hecho sobre la base de hierro fundido y el de Comayagua en base de hierro forjado, de las dos técnicas, el hierro forjado es más antiguo que el utilizado en el reloj inglés, por lo que se deduce que el Comayagua es el más antiguo.
Los retablos fueron hechos en suelo hondureño, y poseen una imagen de la inmaculada concepción y un
crucifijo
hechos por el artista español
Francisco De Ocampo
en la ciudad de
Jaén
,
España
.