Es la tercera iglesia construida en Comayagua ya que la segunda en ser edificada fue la ya desaparecida Iglesia de nuestro señor de los reyes, la cual fue demolida en 1829.

[1]​ Por ende actualmente la iglesia es la segunda más antigua de la ciudad.

[2]​ Para el siglo XX el antiguo convento fue convertido en un colegio, el actual instituto de la Marista Inmaculada, el edificio construido a mediados del siglo XVI ha sufrido varias modificaciones al paso del tiempo a tal manera que hoy en día casi no se puede apreciar el diseño del convento original por fuera.

La iglesia fue restaurada a inicios del presente siglo, logrando rescatar las obras barrocas en su interior y se rehabilitó la plaza.

mientras existio el convento este contó con dos plantas y una fuente en el centro.