También fue la primera iglesia hondureña en recibir la designación de catedral en 1561, aunque ahora funciona como parroquia.

[1]​ La iglesia está dedicada a la Virgen de la Merced y está ubicada en el casco histórico colonial de Comayagua.

En 1820, el presidente de Honduras, Coronado Chávez mandó a construir el retablo mayor.

Cuando fue edificada en 1550, fue construida de bajareque con techo de paja teniendo un aspecto diferente al que posee hoy, pero en 1561 fue reconstruida con su aspecto actual para darle una mejor presentación.

[1]​ La iglesia fue construida con una capacidad de 500 feligreses y los días más ocupados para la iglesia son los domingos donde acuden unos 250 personas a misa.