La primera misa en suelo continental se celebró en lo que hoy es Trujillo.
No fue hasta pasados unos veinte años cuando los conquistadores españoles decidieron tomar posesión de estas tierras, en las cuales residían nativos indígenas locales; en el noroeste estaban los pueblos de influencia azteca, como los náhuatl.
En cuanto a los lencas, se asentaban en un amplio territorio en lo que actualmente son los departamentos de Comayagua, Francisco Morazán, Intibucá, La Paz, Santa Bárbara y Valle.
[1] Para colonizar este territorio había que enfrentarse a estas tribus organizadas.
Concediendo o negando el viaje, la Casa debía fiscalizar y registrar las mercancías de ese tráfico marítimo.
[3] Entre 1520 a 1530 hubo una extensiva migración española hacia América, en los indicadores de destino se establece que entre estos años, los españoles extremeños que llegaron a Honduras solo fueron 70, de un total de 12 426, siendo Extremadura el segundo lugar que más inmigrantes ultramarinos registraba.
Visitaron así el sur de lo que se denominaba Higueras, Guaymuras u Hibueras (Honduras).
En la revuelta perdieron la vida los capitanes Grijalva y Hurtado, oficiales de Pedrarias.
Por consiguiente, Gracias fue elevada a capital de Honduras y con jurisdicción sobre Costa Rica, Chiapas, Guatemala, Nicaragua, Panamá, Tabasco y Yucatán, hasta su traslado definitivo a ciudad de Guatemala; después, Comayagua se elevaría como capital hasta la década de 1880.
Dicho repartimiento se realizó sobre 167 pueblos divididos entre 15 oficiales de Alvarado y otros personajes.
En 1537 la costa del litoral Caribe de Honduras había quedado desierta debido a la reconquista, la economía cayó drásticamente, el cacao término por perderse ya que no había quien lo recolectara, había pequeñas vetas de oro, se encontró plata después que sirvió para volver a poblar lugares abandonados.
La gobernación de Honduras fue dividida en 1579 mediante una reorganización territorial, en dos provincias y subdelegaciones las cuales se denominaban Partidos, las dos provincias nombradas fueron Comayagua y Tegucigalpa, los partidos eran: Comayagua, Choluteca, Gracias, El Viejo, San Pedro, Sulaco, Tegucigalpa, Tencoa, Olancho, Olanchito, Yoro.
[11] En 1589 se empezó a registrar los tributos indígenas del norte, sur y occidente del territorio, en los cuales sobresalían Comayagua de los Indios, Lejamaní, Aguaterique, Jocosa, Cururu, Mexicapa, Orica, Tencoa, Xeto, Quetzaltepeque, Yamala, Xacapa, Heraxagua, Aguarcha, Guacabasquez, Xicaramani, Yntibuca, Ocotepeque, Gauranjabala, Talua o Talva, Ylamantepeque, Santiago Cocumba, Yoro.
Al este, el territorio no había sido aún explorado del todo, por lo que existían poblados indígenas que no tenían contacto con los colonizadores ibéricos, por lo que se trazo una frontera entre los territorios colonizados y los no, las ciudades “fronteras” eran: Catacamas, Danlí, Juticalpa y Manto, en varias oportunidades estos poblados fueron atacados por indígenas misquitos, sumos, zambos quienes eran apoyados por los ingleses.
La lengua lecha o mexicana abarcaba los pueblos de Ahuanterique, Alubaren, Cayngla, Curaren, Lamani, Loterique y Reditoca.
Los pueblos indígenas cristianizados pasaron a llamarse de otra forma, algunos con nombre del santo según el calendario o según su fundador y manteniendo un recordatorio del sitio denominado en lengua indígena, según los archivos del Índice General de Títulos de Tierras.
Honduras estuvo dominada y colonizada por el Imperio Español durante trescientos años (tres siglos) hasta su independencia junto con las otras provincias del istmo centroamericano, en este tiempo estas colonias mantuvieron una estrecha relación de comercio entre la península ibérica, Cuba, Santo Domingo, Tierra firme,[Nota 3] Nueva España, Nueva Granada, Trujillo (Perú), Nueva Galicia y entre sí.
[24] En el siglo xix los algunos productos y alimentos tenían que ser importados, en 1854 se importaban azúcar, ajos, aceite, café, carnes, especias, fideos, harinas, mantequilla, té, sal, vinagre.
En el siglo xvii los funcionarios de la corona española más notables son: el Gobernador, Corregidor, Alcalde Mayor, al alto clero (obispos), los encomenderos y hacendados quienes compartían un alto y respetado nivel social.
1641 ataque de Dieguillo “el Mulato” o Diego Díaz “Lucifer” saquearon el puerto y tomaron rehenes importantes, después en 1643[28] por otros piratas al mando de Guillermo Jackson, estando la villa habitada solo con 150 soldados españoles, este la quemó después de saquearla totalmente.
Para 1639 piratas al mando de Nataniel Butler atacan Puerto Caballos y la boca del Río Úlua y el sitio de Omoa.
Entre los años 1660-1665 ataque al puerto por Juan Nao “el Olanés” los piratas torturaron a los pobladores e incendiaron la ciudad.
El primer repartimiento indígena se realizó en San Pedro de Puerto Caballos en 1536[29] además distribuyó 150 pueblos en encomienda, de los cuales dieciocho estaban ubicados en el Valle del Úlua.
La villa fue un punto de reunión entre los navegantes que venían desde Cuba y México.
Yuscarán fue un centro importante de migración europea, a ella llegaron empresarios mineros españoles, criollos, suizos, alemanes, franceses, etc. Fue asentamiento chorotega, denunciada en 1606 como Teguciguata y conformada en poblado.
En 1777 ocurrió una fatal inundación del río la cual provocó que se construyera una mejor catedral, en 1877 el Comandante de Armas y Gobernador Político de Choluteca general Vicente Williams Domínguez, ordenó la restauración del antiguo cabildo.
En el siglo xvii era un altiplano utilizado para el tránsito desde Guatemala a Gracias, en 1705 el capitán español Juan García de la Candelaria, militar estacionado en Gracias, solicitó en compra el sitio denominado “Los Llanos” mismo que efectuó para ubicar su hacienda, en 1750 los descendientes del capitán García de la Candelaria, utilizaban los terrenos para la siembra, la ganadería y cultivo de añil para la exportación, más tarde se fueron ubicando más compradores hasta la llegada del cultivo de tabaco.
Los españoles que migraron a la región de Honduras se asentaron principalmente en la zona occidente y centro.
[37] A continuación, la forma en que eran registrados los pasajeros españoles, hacia las nuevas tierras.
[42] Centroamérica en total según la distribución de esclavos entre los años de 1492 a 1870, alcanzaban los 21,000, con la declarada independencia en 1821, Honduras en este caso abolió la esclavitud, mientras otros países aún la conservaban.