El museo está albergado en una casa histórica colonial española construida a finales del siglo XVI con una larga historia de uso como Casa Presidencial de Honduras entre muchas otras utilizaciones históricas importantes.

En 1862, en la era republicana, el inmueble pasa a ser la Casa Presidencial de Honduras tras ser confiscada por el presidente José María Molina en 1860.

Desde finales del siglo XIX y hasta 1940 la casa tuvo varias funciones administrativas de la ciudad.

El museo tiene una colección con objetos procedentes de El Chilcal, Tenampúa, Las Vegas y Salitrón.

El edificio fue construido a finales del siglo XVI para don Francisco del Barco y Santiponce, conquistador español de San Jorge de Olancho.

[6]​ Esta restauración buscó recuperar el estilo original colonial español del inmueble.