La Iglesia de San Sebastián es una iglesia católica en Comayagua, Honduras construida en 1580 durante la época colonial de Nueva España.Es la única de las iglesias coloniales de Comayagua que está ubicada fuera del casco histórico colonial dado que esta iglesia fue construida para la población indígena y negra de la ciudad.Su fachada es por eso un estilo más sencillo que las otras iglesias coloniales.[1] Otros enterrados en la iglesia son don Matías Castillo y el padre Fray Pedro Alejandro Martínez Castillo.En 1827, el templo sirvió de cuartel de las tropas guatemaltecas que invadieron Comayagua en ese año al mando del General José Justo Milla.
