Según la doctora, María Rostworowski, en su obra Historia del Tahuantinsuyu, cuando las tropas de Túpac Yupanqui derrotaron a las huestes del Colli Cápac, en represalia ejecutaron a todos lo varones adultos, siendo reemplazados por mitmaqs aymaras, quienes se establecen en el ayllu Cararua o Cararua ayllo.
La característica constructiva de todos estos centros es que tienen planta en "U", es decir la pirámide mayor y principal se ubica al centro; mientras que, las otras dos pirámides de menor tamaño se ubican a los lados, y una gran plaza que se ubica al centro.
Los entierros forman parte de un poblado establecido allí desde comienzos del Horizonte Medio.
En el Período Intermedio Tardío (1,100 años d. C), en la parte media y baja del río Chillón surge el Señorío Colli o Collec, que dominó toda esta parte del valle.
Los Colli tenían como centro administrativo y religioso, la zona arqueológica que hoy se denomina la Fortaleza de Collique.
Asimismo, los Collis en esta época construyeron grandes murallas que bordeaban la margen derecha e izquierda del río Chillón y su extensión llegaba más allá de Chuquitanta, e incluso existió una red de ellos que servía como caminos epimurales.
Desde ese momento, el territorio Colli se reduce y así quedó hasta la actualidad.
En el Período Inca (1400 d. C.), con la llegada de Túpac Inca Yupanqui, los cuzqueños logran dominar a los collis, contando con el apoyo de los Canta y los Yauyos (Chacllas).
Posteriormente los cuzqueños trasladaron el centro de poder administrativo a Tambo Inga.
Otra construcción inca, es el "Palacio Oquendo", ubicado en la parte baja del río Chillón, la cual tiene una distribución espacial de carácter residencial.
Así San Pedro se convirtió en el primer centro administrativo, político y religiosos del cono norte de Lima.
La lucha por la posesión de las tierras entre los conquistadores y los indígenas duraron años, los terratenientes españoles se valían del poder legal y militar que les otorgaba el virreinato para despojar a los indígenas de sus tierras.
Los españoles se preocuparon por poder dominar el valle del Chillón por ser un lugar estratégico de acceso hacia la ciudad de Lima; sin embargo, los montoneros no lo permitieron y se enfrentaron a los españoles en diversas batallas.
Debido a estos acontecimientos adversos, los generales que comandaban los agrupamientos españoles estaban descontentos con las acciones del virrey, José de La Serna, porque sus actos fracasaban y no podían contrarrestar la expedición libertadora y los levantamientos de indígenas se sucedían en diversos puntos del país, por ello el general Canterac se trasladó desde Arequipa para conspirar contra Pezuela e instala su campamento en Aznapuquio, y reúne a todos los oficiales generales quienes piden el 29 de enero de 1821, a Pezuela que entregue el gobierno al Gral.
San Martín al ver que los españoles no cedían, decidió retirarse.
Algunos historiadores proponen esta fecha como el inicio político de Carabayllo, pero también San Martín convocó a estas elecciones durante su Protectorado, en 1821.
Por eso durante el Primer gobierno de Ramón Castilla, en 1849, se promulga una ley para traer inmigrantes chinos "Coolies", quienes sustituyen y cubren los puestos de los esclavos, que también fueron liberados por Castilla.
Después de la infausta guerra con Chile, el país atravesó por una grave crisis económica.
La producción principal era la caña de azúcar y paralelamente surge el cultivo del algodón, que cobró gran importancia principalmente en el período de la 1.ª guerra mundial, debido a que ambos productos se exportaron.
Muchas parcelas comienzan a ser explotadas como tierras para hacer ladrillos; debido al crecimiento vertiginoso de la zona urbana, que se constituye en el mercado principal de las ladrilleras y además generan mayores recursos económicos.
Actualmente, la tenencia de tierras en el área rural, está constituido principalmente por parceleros precarios, granjas, establos y pequeños fundos.
Los pueblos se han ido asentando paulatinamente en las áreas eriazas de las quebradas y cerros que se ubican desde el kilómetro 16 al 22 de la avenida Túpac Amaru (margen derecha), posteriormente se van ocupando las áreas agrícolas (margen izquierda) principalmente son ocupados por las urbanizaciones y asociaciones de vivienda.
Inicialmente, fueron pueblos pequeños que estaban aislados uno del otro, estos pueblos son formados mediante las "invasiones", los pobladores que la ocupan son migrantes y son pobladores que ante el avance de la ocupación del centro de la Capital optan por ocupar la periferia de la Ciudad, ubicada en los conos.
Durante las década de los 60, 70, y 80, la población luchó para conseguir la instalación de los servicios básicos (luz, agua, pistas, transporte entre otros) y muchas veces tuvieron que recurrir a medidas extremas como la de bloquear la avenida Túpac Amaru y hacer marchas masivas hacia las entidades estatales para hacer oír sus pedidos.
Hasta 1996, los asentamientos humanos crecieron rápidamente; ocupaban cualquier espacio y muchas veces afectaba a la propiedad privada y zonas intangibles, por ello ese año se decretó que los pueblos que surgían bajo esta modalidad no serían reconocidos; sin embargo la necesidad de la población de tener un techo propio hizo que continuaran las ocupaciones en terrenos del Estado así como privados los cuales se han ido asentando y posteriormente han sido reconocidos.
[6] Son varias las empresas de transporte que circulan o comienzan en este distrito.