La Conquista del Desierto o Campaña del Desierto fue la campaña militar realizada por la República Argentina entre 1878 y 1885, por la que conquistó grandes extensiones de territorio que se encontraban en poder de los pueblos originarios, pampa, ranquel, mapuche y tehuelche.

Por tratarse de culturas e idiomas muy diferentes, la terminología utilizada para identificar pueblos, naciones, lugares, etnias, cargos y personas varía según la fuente.

9]​ Esas tierras no desiertas que comenzaron a ser ocupadas por las sucesivas expediciones pobladoras de la España colonizadora del siglo XVI introdujeron el caballo y la vaca en el momento en que los indígenas americanos precolombinos estaban radicados en pequeñas parcelas de territorio y aprovecharon los descubrimientos, invenciones, el ingreso de animales antes desconocidos por ellos y la tecnología del hombre blanco para su expansión territorial, que se inició 180 años después.

El área controlada por la Provincia de Buenos Aires por el sur se logró estabilizar en la línea que unía Lavalle Norte –Ancaló–, General Paz, Olavarría –cuyo nombre original era "Puntas del Arroyo Tapalquén"–, Tandil, Lavalle Sur –Sanquilcó– y San Martín.

Luego de los malones producidos en esta segunda invasión grande Estanislao Zeballos dijo que los indígenas se retiraron

Pero, sin quererlo, Alsina había hecho algo mucho más importante en la estrategia ofensiva: ocupó las últimas zonas con agua dulce abundante y con pastos naturalmente tiernos que aún quedaba en manos de los indígenas –lo que el cacique Calfucurá llamaba genéricamente “Carhué”.

En sus páginas habla la necesidad de exterminar o reducir a esos indios para poder explotar económicamente el territorio: Mansilla también registró un diálogo con Conversando un día con el lonco ranquel Mariano Rosas: En las tolderías originarias, las personas capturadas en los malones estaban obligadas a hacer tareas domésticas como lavar, cocinar, cortar leña o cuidar los ganados y eran víctimas de violaciones y matrimonio forzado; aquellas mujeres que formaban familias solían preferir quedarse con sus hijos y esposos antes que volver a la sociedad hispano-argentina —en la que era usual el matrimonio forzado—, donde enfrentarían rechazo y discriminación por su vida precedente.

Zeballos remontó ese proyecto como herencia recibida de la Madre Patria: Zeballos le dio una gran importancia en su libro a los reclamos de los estancieros organizados en la Sociedad Rural Argentina para emprender y financiar la conquista: El actual concepto colectivo de indígena, entendido como un bloque homogéneo y opuesto al blanco, no tuvo, durante el siglo XIX, una posición única respecto a la guerra sino que las diversas comunidades indígenas que habitaban tanto la pampa como la Patagonia fueron plurales y diversas.

Por ello había preparado un plan para realizar una gran expedición que cubriera la totalidad del territorio hasta el río Negro, «como un palo de amasar abarca toda la masa».

[81]​ Epumer huyó, pero fue sorprendido por un oficial de Racedo poco después en Leuvucó, mientras cosechaba la cebada que sus caballos necesitaban.

Entre los oficiales superiores se contaban los coroneles Conrado Villegas, Teodoro García, Lorenzo Vintter y Santiago Romero; los teniente coroneles Francisco Leyría, Ignacio Fotheringham, Benigno Cárcova, Francisco Álvarez, Manuel J. Campos, Apolinario de Ipola, Artemio Gramajo, Manuel Olascoaga, Daniel Cerri, Eduardo Pico y Gabriel Brihuega.

Entre los jefes estaban los teniente coroneles Rudecindo Roca, hermano del ministro, Sócrates Anaya, Benito Meana y Ernesto Rodríguez.

Los únicos que quedaron en el cuartel general fueron los teniente coroneles Benito Meana y Sócrates Anaya, con algo más de cien soldados.

Los demás oficiales superiores eran Luis Tejedor, Rufino Ortega, Patrocinio Recabarren, Justo Aguilar y Demetrio Mayorga.

Una partida capturó al capitanejo Painé,[n. 13]​ y derrotó a fuerzas de Udalmán que habían incursionado en Mal Barco, causándoles algunas bajas.

[107]​ Partió de Trenque Lauquen, y en Curu-Pichi-Cajuel el teniente coronel Godoy mató al capitanejo Lemumier, su hijo.

Lagos se detuvo en Luan Lauquen a informar de la marcha de las dos columnas al ministro Roca, explicándole que consideraba ese lugar más estratégico que Toay o Malal, lugares donde Roca le había sugerido establecer su cuartel general.

En el Río Neuquén se embarcó la comisión exploradora fluvial al mando del teniente Eduardo O'Connor, remontando el río Limay y llegando hasta un recodo desde donde no pudo avanzar más debido a la velocidad de la corriente, y a la que llamó vuelta del Desengaño.

Al mando del teniente coronel Enrique Godoy, operó en la zona de Collón Curá y Caleufú.

Su avanzada, al mando del capitán Drury, descubrió a los indígenas de Inacayal en las nacientes del río Senguer, sobre el arroyo Apeleg, y fue atacado: el combate duró cuatro horas, con bajas importantes en ambos bandos; la llegada de Palacios puso en fuga a los indígenas.

Perseguía a los caciques Foyel e Inacayal, que se habían internado en la cuenca del río Chubut y durante muchos meses no logró dar con ellos.

[129]​ Se crearon colonias indígenas en José de San Martín, junto al arroyo Genoa, en Cushamen, sobre el alto río Chubut, en Languiñeo y posteriormente en otros lugares.

Como consecuencia, pese a no ser originarios del Chubut, esta provincia es en la actualidad la que cuenta con un mayor porcentaje de indígenas mapuches, con el 8,5%.

Aquellos tiempos históricos fueron signados por toda clase de privaciones materiales, aunque la región tuvo un futuro promisorio que recién comenzó a mostrar su potencial real ya iniciado el siglo XX.

La investigadora Diana Lenton afirma que también "hubo campos de concentración en Chichinales, Rincón del Medio y Malargüe".

[138]​ El gobierno roquista dispuso entonces que los niños y las mujeres fueran entregados para trabajar a la fuerza como sirvientes de familias ricas.

La mayoría de los hombres murieron en la isla Martín García, donde aún hoy se preserva parte del llamado Barrio Chino, al que fueron confinados los prisioneros.

En el segundo caso, se publicaron varios artículos con títulos como "Indios, encomiendas modernas", denunciando las condiciones inhumanas a que eran sometidos, calificándolas de "barbarie" y "esclavitud", para preguntarse: En Argentina se debate si la Conquista del Desierto constituyó un genocidio.

Algunos de los historiadores que han publicado trabajos sosteniendo esta postura son Juan José Cresto[161]​ y Roberto Azzareto.

[167]​ En 1994 la comunidad Mapuche-Tehuelche Pu Fotum Mapu logró que el Museo les restituyera los restos del Longko Inakayal.