Así, en sentido litúrgico, son basílicas todas aquellas iglesias que, por su importancia, por sus circunstancias históricas, o por aspectos de cierto relieve, obtengan ese privilegio papal.
Tras ascender por una escalinata que abarca toda la fachada, se llega a un atrio flanqueado por dos torres.
Desde aquí, a través de un espacio intermedio que hace las veces de un segundo atrio interior, se penetra en el templo propiamente dicho, al fondo del cual se encuentra la capilla mayor, que alberga el altar mayor del templo.
Como elemento anejo existe una sacristía, situada al sur, dentro ya de la zona monástica.
Del mismo modo, la nave central perpendicular a ese eje se realzó con un cubrimiento de igual altura que el de la anterior, formando el conjunto una perfecta cruz latina que, en realidad, no se corresponde con la planta del templo.
Las naves del templo se cubren mediante bóvedas de cañón soportadas por arcos perpiaños.
El espacio que definen, a modo de crucero, se cierra mediante un tambor circular sostenido por cuatro pechinas; en él se abren ocho ventanales que proporcionan luz natural.
Las bóvedas fueron pintadas al fresco por Lucas Jordán en época de Carlos II.
En esta capilla se concentran casi todos los cuadros-retablo de la basílica dedicados a santas.
También en ella se encuentra ubicada la imagen del Cristo de la Buena Muerte, que tiene la particularidad de que luce una peluca o cabellera artificial, y por ello está asociada a leyendas populares sobre su crecimiento.
La obra de mármoles correspondió a Juan Bautista Comane, a quien al fallecer sucedió su hermano Pedro Castello, que terminó y pulió las columnas de jaspe, finalizando su excelente trabajo en 1594, siendo ya escultor del Rey.
El primer cuerpo o zona inferior del retablo es dórico, y consta de cinco compartimentos.
Finalmente, el último cuerpo, compuesto, tiene sólo dos columnas, entre las cuales se forma una capilla con hermosísimo Calvario, Cristo muerto en la Cruz entre la Virgen y San Juan, obra de conmovedor realismo.
Tras el altar mayor se encuentra el Sagrario, accesible a través de dos bellas puertas situadas en los extremos del altar, y que están adornadas con jambas y dinteles de jaspe verde.
Dicho Sagrario tiene las paredes revestidas de mármol rojo con embutidos blancos hasta el segundo de sus rellanos, y en el resto, están representadas historias del Antiguo Testamento pintadas al fresco por Tibaldi.
Es una espaciosa sala de 30 x 9 metros, cuya bóveda fue pintada por Nicolás Granello y Fabricio Castello.
Construidos por los flamencos Gilles y Michael Brevost en 1584, el conjunto original constaba además de otros tres órganos más pequeños.
No fue hasta 1964, cuando Eusebio Soto y Ramón González de Amezúa los renovaron por completo.