Ese día el gobernador intendente y el Cabildo de Salta oficiaron a la Junta lo acordado.
Luego de disputas, el gobernador dispuso el apresamiento del alcalde de segundo voto, José Antonio Fernández Cornejo y del síndico procurador Juan Esteban Tamayo.
El gobernador mandó prender a Saravia y al doctor Gabino Blanco, de quien dijo:
Isasmendi reaccionó ordenando apresar a los miembros del cabildo, siendo capturados Nicolás Arias, Calixto Ruiz Gauna, Mateo Zorrilla y José Boedo, logrando los restantes abandonar la ciudad.
Después de descansar veinticuatro horas regresó con el gobernador interino nombrado por la Junta, coronel doctor Feliciano Chiclana, quien había sido nombrado auditor de guerra del Ejército del Norte, aunque no viajaba con la expedición, la alcanzó el 28 de julio en Fraile Muerto con su escolta de seis blandengues y dos patricios, que allí reforzó con doce blandengues al mando del teniente Eusebio Suárez y continuó viaje a Salta.
La Junta envió al comandante Francisco Ortiz de Ocampo una recomendación para tratar con Gauna sobre la ruta a seguir por la expedición:
El 27 de junio, en una reunión presidida por Clemente Zabaleta, fue elegido diputado Manuel Felipe Molina.
Las milicias tucumanas aportaron tres compañías de cien hombres cada una a la expedición.
Al día siguiente recibió por la tarde los tres pliegos enviados desde Buenos Aires, reuniéndose el cabildo para tratar sobre ellos, siendo el alcalde de primer voto Francisco Calderón.
Esa partida fue posteriormente reforzada y constituyó el Escuadrón de Salteños que se incorporó al Ejército del Norte.
El teniente coronel Borges organizó a los Patricios Santiagueños para incorporarse al ejército auxiliar.
Los Patricios Santiagueños, con trescientos diecisiete hombres, fueron luego incorporados al Regimiento N° 6, creado en Potosí.
La Junta para evitar ofender a Ortiz de Ocampo, lo desplazó del mando efectivo encargándole que quedara en Santiago del Estero reuniendo tropas y diversas tareas secundarias.
Luego le siguió el resto del ejército hasta que el día 11 salió el último grupo con el comandante Ortiz de Ocampo.
La Junta había ordenado la incorporación a la expedición de todas las unidades militares que se hallaran a su paso como medida de precaución para evitar posibles insurrecciones en su contra y además para aumentar sus efectivos.