Anteriormente había sido director del Fondo Hondureño de Inversión Social.[7][n 2] Inició estudios universitarios en ingeniería civil, pero los abandonó en 1976, al verse forzado a ocuparse de los negocios familiares debido al arresto de su padre José Manuel Zelaya Órdoñez, que fue implicado y condenado por los asesinatos que se cometieron en propiedad del acusado en el hecho conocido como la masacre de los Horcones[8][9].Los otros condenados fueron el Mayor José Enrique Chinchilla, Subteniente Benjamín Plata, José Manuel Zelaya Órdoñez (dueño de la propiedad) y Carlos Bhar, que fueron condenados y llevados a la Penitenciaria Central; después de estar cuatro años en prisión, fueron favorecidos por el jefe de Estado general Policarpo Paz García al ser benefiados con un Indulto en 1979.Esta ruptura dio lugar a una nueva facción del Partido Liberal, el Movimiento Azconista, al que se unió Manuel Zelaya.[11] Durante su administración se perdieron 40 millones de lempiras y la Procuraduría General le dio un reparo por enriquecimiento ilícito.En el primer año de gobierno se declaró emergencia energética por la crisis de la Empresa Nacional de Energía Eléctrica, se emitió un decreto para otorgar matrícula gratis a los centros educativos en nivel prebásico, básico y medio, se publicó la Ley de Participación Ciudadana y se dispuso que cada año del gobierno 1000 efectivos del Ejército fueran transferidos a la Policía Nacional para combatir la criminalidad.Varios empresarios criticaron este aumento y presentaron recursos de amparo ante la corte, los cuales fueron decretados sin lugar.En octubre de 2007, Manuel Zelaya visitó Cuba después de 46 años en que un presidente no visitaba ese país, mientras que en diciembre Honduras fue aceptado en Petrocaribe, una alianza petrolera impulsada por el mandatario venezolano.[16] La adhesión se dio en medio de un ambiente de división social sin precedentes entre quienes apoyaban el ALBA y quienes lo consideraban «nefasto para los intereses nacionales», entre ellos el sector político y empresarial.En la ceremonia de adhesión, llevada a cabo en Honduras, los presidentes invitados, Hugo Chávez, Evo Morales y Daniel Ortega realizaron varias críticas a Estados Unidos y al ALCA.Chávez dijo además que quien no estaba de acuerdo con el ALBA era «un vendepatria o un ignorante».[17] Estas declaraciones fueron condenadas públicamente por los opositores al ALBA, mientras que el gobierno emitió dos comunicados en los cuales se declaró que los funcionarios del gobierno zelayista compartían en un 100 % el discurso de Chávez.Zelaya telefoneó a Fidel Castro, logrando que este diera su conformidad verbal al texto de compromiso.[16] Una constante durante el gobierno de Zelaya fueron las críticas al mal manejo de fondos públicos y a su excesivo gasto dedicado a publicidad, asuntos personales y viajes al extranjero.[22] En publicidad, el gobierno de Zelaya hacía una excesiva propaganda en los principales medios de comunicación orientada a promocionar decisiones polémicas como el cierre temporal del aeropuerto Toncontín y la adhesión al ALBA.Durante su gestión como presidente, Manuel Zelaya realizó varias críticas a los principales medios de comunicación nacionales, a quienes acusó de boicotear su gestión y transmitir información falsa.Zelaya dijo que las reformas «debilitan en vez de fortalecer la democracia y resultan inconvenientes para los intereses públicos porque afectan las finanzas del país».También provocó protestas y rechazo de muchas organizaciones populares los días posteriores.Tras ser expulsado del país sin mediar juicio previo, el presidente Zelaya viajó a Costa Rica.[35] El domingo 29 de julio por la noche, el presidente Zelaya arribó a Managua, Nicaragua.[36] En sus primeras declaraciones expresó que esperaba iniciar un diálogo con el gobierno de Roberto Micheletti «para el restablecimiento del orden constitucional».Chávez declaró que estaría dispuesto a reconocer el gobierno de Porfirio Lobo en Honduras, si este permitiese que Zelaya regresara a su país e hiciera vida política.Nasralla quedó en segundo lugar en unas controvertidas elecciones en las que el presidente Hernández fue reelegido y tras las cuales hubo una crisis poselectoral.Al asumir Castro la presidencia, Zelaya pasó a ser el primerísimo primer caballero de Honduras.Zelaya negó esto en un tuit y agregó que jamás nombró a un ministro del crimen organizado.[61] Entre ellos es Hortensia Xiomara, conocida popularmente como 'La Pichu', y su hermano Héctor Manuel quienes han participado activamente en política.
Manuel Zelaya junto con el presidente de Estados Unidos,
George W. Bush
, el 18 de septiembre de 2006.
