Fue creado mediante reformas constitucionales en enero de 2019, suplantando al anterior Tribunal Supremo Electoral.

El 26 de marzo de 1956, en la administración de Julio Lozano Díaz, se creó el Estatuto Electoral, introduciendo por primera vez la institución denominada Tribunal Supremo Electoral, máximo organismo electoral del país, que tuvo como finalidad realizar una elección a diputados para una Asamblea Nacional Constituyente.

En 2004, el Congreso Nacional de la República, dándole cumplimiento a los Acuerdos Cívicos del 4 de septiembre de 2001, suscrito por los partidos políticos legalmente inscritos, reformó la constitución (por Decreto 412-2002) para crear un nuevo ente electoral, que se denominó Tribunal Supremo Electoral (TSE), y que fue la máxima autoridad electoral tanto en el ámbito administrativo como en el ámbito jurisdiccional.

Para ser electo se requiere ser hondureño(a) por nacimiento, mayor de 30 años, estar en el pleno ejercicio de los derechos civiles y poseer título universitario y reconocida idoneidad.

La presidencia del CNE se rota entre sus consejeros propietarios cada año, y ninguno puede repetir a menos que el resto haya ejercido el cargo.

Los consejeros no pueden participar en actividades partidistas ni desempeñar ningún cargo remunerado, excepto la docencia y las ciencias médicas.