Roberto Micheletti, entonces Presidente del Congreso Nacional de Honduras, asumió el cargo como sucesor legal.

[6]​ Hubo también acusaciones por corrupción y críticas a los principales medios de comunicación por parte del mandatario Zelaya.

[17]​ Esta ley sigue los lineamientos del liberalismo político, donde se cree que el pueblo debe participar en decisiones públicas.

En febrero, el presidente en consejo de ministros dispuso que cada año de su gobierno 1,000 efectivos del Ejército fueran transferidos a la Policía Nacional para combatir la criminalidad; lo cual es criticado por el presidente del Comité para la Defensa de los Derechos Humanos (CODEH), Andrés Pavón.

Exigieron que la medida se realizara antes de los 60 días o tomarían acciones más fuertes.

[7]​ El gobierno se enfocó además en reducir gastos por adquisición y uso de combustibles.

El 7 de mayo, en un intento por ahorrar costos en combustible el Poder Ejecutivo adelantó una hora la hora oficial, medida rechazada por grandes sectores populares; también modificó el horario de entrada y salida de empleados públicos y privados, y dispuso que los vehículos del gobierno circularan en días alternos.

Como resultado, en noviembre las empresas ConocoPhillips y Gas del Caribe adquirieron la exclusividad en la importación de combustible para el mercado hondureño.

[31]​ En 2007, la CEPAL presentó cifras muy favorables para Honduras en materia económica durante el primer año de gobierno.

Los meses posteriores el Fondo Monetario Internacional (FMI) advirtió que la crisis financiera de la Empresa Nacional de Energía Eléctrica podría afectar la estabilidad económica del país; también emitió un informe con varias recomendaciones encaminadas a contrarrestar el empeoramiento de las finanzas que experimentaba Honduras.

En octubre el FMI planteó que el crecimiento de las recaudaciones tributarias estaba siendo usado para gasto corriente, especialmente salarios, y no en mayor inversión para reducir la pobreza.

En marzo el Gobierno otorgó un aumento del 9.7% al salario mínimo, retroactivo hasta el 1 de enero de ese año, y del 8% a empleados públicos, excepto a aquellos que se regían por contratos colectivos.

Así el salario mínimo promedio pasó de 2,400 a 2,633 lempiras mensuales.

Para enero la Corte Suprema había admitido recursos de 30 empresas para impugnar el decreto, sin la suspensión del aumento, y trabajadores protestaban en las calles por el cumplimiento del mismo.

[44]​ La empresa hondureña de telecomunicaciones Hondutel tuvo mucha atención mediática en 2007 por las constantes denuncias de irregularidades y de tráfico gris en las llamadas internacionales[45]​—por el cual dichas llamadas eran desviadas a "líneas grises" que hacían que fueran facturadas por Hondutel como llamadas locales.

En julio, el presidente Manuel Zelaya afirmó que los diputados se habían confabulado con empresarios para destruir y privatizar a Hondutel, mientras que el gobierno estadounidense recomendó a sus empresarios no hacer negocios con dicha empresa por las denuncias de fraude.

Ante las dudas de estas afirmaciones, el Congreso Nacional creó una comisión para conocer la situación actual del juicio.

[49]​ El mandatario Zelaya se mostró satisfecho: «Se llegó a un 80 por ciento de lo que Honduras pidió, me parece que la cifra (...) es equitativa y compensatoria para lo que Honduras había solicitado.»[50]​ Para finales de 2007, el gobierno zelayista se aproximó a los gobiernos de tendencias socialistas del nicaragüense Daniel Ortega, el venezolano Hugo Chávez Frías y el cubano Fidel Castro.

[53]​ La adhesión se dio en medio de un ambiente de división social sin precedentes entre quienes apoyaban el ALBA y quienes lo consideraban «nefasto para los intereses nacionales», entre ellos el sector político y empresarial.

Días atrás el Consejo Hondureño de la Empresa Privada (COHEP) había rechazado en un comunicado la adhesión al ALBA, por considerarla «un acuerdo de tendencia ideológica, política y militar».

En la ceremonia de adhesión, llevada a cabo en Honduras, los presidente invitados, Hugo Chávez, Evo Morales y Daniel Ortega realizaron varias críticas a Estados Unidos y al ALCA.

Chávez, además, dijo en un polémico discurso que quien no estaba de acuerdo con el ALBA era «un vendepatria o un ignorante».

En junio de 2006, el presidente Manuel Zelaya tuvo una reunión con el presidente estadounidense George W. Bush, tras la cual afirmó que Bush avalaba la relación entre Honduras y Venezuela, lo cual fue desmentido desde Washington.

[53]​ En el año 2007, Manuel Zelaya Rosales comenzó su programa de protección a los bosques hondureños, particularmente en una de las zonas muy importantes: el ecosistema del río Plátano, en la Mosquitia hondureña.

Durante toda su gestión como presidente, Manuel Zelaya realizó varias críticas a los grandes medios de comunicación nacionales, a quienes acusó de boicotear su gestión, transmitir información falsa,[44]​[62]​ ser parciales,[61]​ amarillistas y provocar zozobra en la población.

Cada vez que hay un secuestro lo sacan en primera plana.»[24]​ En enero volvió a referirse a La Tribuna y El Heraldo, acusándolos de ser responsables de la ola delictiva del país.

Zelaya dio una cadena nacional donde dijo que las reformas «debilitan en vez de fortalecer la democracia y resultan inconvenientes para los intereses públicos porque afectan las finanzas del país».