Los restos de la primera ocupación española documentada en territorio argentino están concretamente en la manzana que corresponde con las calles Zabala, Pérez y Avenida Hurtado del poblado.La erosión provocada por el río Carcarañá hizo que una porción del asentamiento desapareciera definitivamente.Según algunos, al escuchar estos relatos Gaboto decide abandonar el viaje a las Molucas.Sin embargo, en las costas brasileñas la nave principal se había hundido (por acercarse demasiado a una isla en busca de madera, muy escasa en todas las costas de la región), lo que también, en cierta forma, impedía a Gaboto continuar con su destino original.Gaboto (basado en datos brindados por los indígenas, y por sus conocimientos de geografía) preveía que navegando el Carcarañá llegaría más rápido a la Sierra de la Plata, y por eso es que instala allí el fuerte como punto central.Los guaranizados carcarañáes colaboraron tanto en la construcción del poblado como en la siembra de trigo y cebada, que resultaron así las primeras realizadas en Sudamérica.El clérigo Francisco García construyó una pequeña capilla, donde daba misa los domingos, lunes y viernes.[1] Gaboto se hizo construir en el fuerte una pieza adornada por cueros con dibujos en relieve (es decir, al estilo gadamesí o guadamecil).[7] Construyeron además un bergantín, nave a remo, y el 23 de diciembre, después de nombrar a Gregorio Caro capitán del fuerte y dejarle treinta hombres para defenderlo, Gaboto partió aguas arriba por el río Paraná.A todo esto, en Sancti Spiritu, los españoles descuidaron la defensa del fuerte (el hallazgo de más de cien pequeños "dados" de hueso, entre los restos arqueológicos, confirmaría que el juego entre los soldados pudo ser causa del descuido) y, si bien Gaboto se había entendido bien con los numerosos grupos indígenas que poblaban las márgenes del Río Coronda, los hombres dejados por Diego García (y una década más tarde por Pedro de Mendoza) se comportaron como "conquistadores" en su trato con ellos.Inmediatamente Gaboto y García se dirigieron al fuerte, intentando rescatar a sus hombres.Gaboto (al no obtener apoyos concretos que aguardaba desde España), y dadas las torpezas -a su juicio- cometidas por los hombres de Diego García, decidió regresar a España, donde se le inició proceso y se lo condenó a cuatro años de destierro en Orán (Argelia).Solo cumplió dos años, porque Carlos I lo restituiría en su cargo de piloto mayor, y el fracaso sería atribuido a otras causas.En 1898, el doctor Calixto Lassaga lanzó la idea de erigir un Monumento en Puerto Gaboto que recordase la primera fundación europea en la región.La historia cuenta acerca de Lucía Miranda, una mujer andaluza casada con el capitán Sebastián Hurtado.Como esta lo rechaza, el cacique, aprovechando que muchos españoles —entre ellos Hurtado— se alejan con una expedición para buscar alimentos, decide raptar a Lucía y destruir el fuerte, adonde entra con engaños, dejando fuera una cantidad de indígenas que atacan más tarde, cuando los españoles duermen.Siripo se enamora de la mujer, la hace primero su esclava y luego la convierte en su esposa.Ya de vuelta, Hurtado intenta rescatar a su esposa y es tomado prisionero; Siripo lo condena a muerte, pero la española intercede y logra que el cacique le permita vivir allí bajo promesa de no verse ni tener relación alguna con la española.[14] A partir de lo narrado por Guzmán, retomado a finales del siglo XVIII por Manuel José de Lavardén, el dramaturgo Felipe Boero (ya en la segunda década del siglo XX) escribiría el drama llamado Siripo.
En uno de los primeros mapas de América del Sur (1562) figura el fuerte