De su época de esplendor nos quedan importantes restos arquitectónicos y ornamentales, así como una interesante y extensa documentación que, en la actualidad, está depositada en el Archivo Histórico Nacional.El conjunto monástico estaba formado por una serie de edificios distintos, entre los que destacan la iglesia, comenzada a finales del siglo XII con remodelaciones góticas del XV, al igual que la fachada, y el claustro conocido como "patio gótico".En el interior, se destacan las pinturas gótico-flamencas atribuidas a Fray Alonso de Zamora y, entre ellas, son apreciables diversas muestras heráldicas que se repetirán con profusión en el templo y que hacen alusión a los condes fundadores, Sancho Garcés III de Pamplona, Sancho II de Castilla, así como un escudo único con las armas de los Reyes Católicos.La puerta gótico-mudéjar es un excelente exponente de esta manifestación artística, y da paso al vestíbulo que acoge, en su piso superior, la sillería del coro alto.Frente al citado órgano podemos contemplar el retablo de la Inmaculada a la vez que restos del antiguo retablo mayor que presidió la iglesia hasta el siglo XVIII.Completa el conjunto monumental la fachada renacentista barroca del monasterio (siglo XVII) adornada con las estatuas de condes y reyes fundadores así como heráldica de los cuatro reinos.Los sepulcros, la cubierta, y los muros decorados con sargas hispano-flamencas, representan diferentes escenas de la Pasión y la Resurrección de Cristo, constituyendo una obra única en España.[13] Las instalaciones se dedican a Colonia Agrícola para Vagos y Maleantes.Durante la guerra civil de 1936-1939 las instalaciones son tomadas por el bando nacional y lo utilizan como Hospital de Guerra, aprovechando su situación junto al ferrocarril Santander-Mediterráneo.La biblioteca del Colegio Máximo llegó a albergar en tiempos más de 60 000 volúmenes.Destacaron por su labor docente personalidades como Mariano Gutiérrez-Lanza, Romualdo Galdós y Salvador Cuesta.
Pórtico adornado con estatuas de reyes, ante el monasterio de Oña