En medio de estas edificaciones se halla la casa natal del santo que es una casa torre construida a finales del siglo XIV para el oñacino Beltran Yáñez de Loyola.

En 1682 la Compañía de Jesús adquiere la casa natal de su fundador y comienza a la construcción del santuario que fue diseñado por Carlo Fontana (1634-1714) arquitecto italiano.

En 1738 se inauguraría la basílica en la que también trabajaron relevantes arquitectos del país como Zaldua, Ignacio de Ibero y, puntualmente, Joaquín Churriguera.

La cúpula se asienta en un tambor y está rematada por una linterna.

Todo el conjunto tiene un aspecto macizo en el que se juega con el equilibrio de los volúmenes y el contraste de los colores del mármol, gris y rosado, con el que está hecho.