El santuario se ubica a orillas del río Urola entre las poblaciones de Azpeitia y Azcoitia.

[2]​ La Compañía de Jesús se convirtió en una poderosa institución que tenía mucha influencia en la cúpula dirigente católica.

Ignacio, su fundador, fue nombrado santo y, como era lógico, su casa natal pasó a ser un lugar de devoción.

[3]​ Cuando en el siglo XVII la casa torre donde había nacido fue cedida a los jesuitas, estos construyeron allí, alrededor de la casa natal de su fundador, todo un complejo religioso en el cual destaca su basílica.

Sus enormes medidas y su concepción como relicario que contiene la Casa Santa y como gran águila de piedra, en la que en la parte central de su fachada principal se alza la basílica circular cubierta con la gran cúpula esférica.

La elevación en la que se sitúa la Casa Santa ha sido salvada por un zócalo de piedra.

Sobre él se alzan los tres pisos en dos alas que flanquean la basílica en un cuidado equilibrio de volúmenes.

Las escaleras se configuran con la alternancia, entre cada piso, de cuatro tramos laterales con dos centrales.

Los muros están calados en blanco y rematados por mármol del mismo color.

La decoración es referente a la Compañía; san Ignacio, escribiendo sus ejercicios espirituales preside la sala en cuyas paredes cuelgan retratos de los cardenales que fueron jesuitas.

Si la Casa Santa es corazón interior del santuario de Loyola, la basílica es el exterior.

Un gran arco se abre sobre una magnífica escalera mostrando una simetría perfecta.

El conjunto de acceso está flanqueado por dos columnas salomónicas a las que corona un frontón curvo partido.

Está realizado en mármol con mucho dorado, con un piso del mismo material dibujando un gran mosaico.

Recorriendo todo el perímetro del templo se emplaza un balcón con barandilla de hierro forjado que descansa sobre una cornisa repleta de modillones separados por metopas, todo ello ricamente ornamentado.

Cuando Zaldúa decidió quitar esos muros de separación entre las capillas para crear una nave circular alrededor del espacio que cobija la cúpula, dio más grandeza y originalidad al templo.

El problema fue ya entonces complejo y requirió la consulta a prestigiosos arquitectos como Joaquín de Churriguera.

Una vez coronada la linterna con la bola de cobre y la cruz, Íbero se dio cuenta de que la cúpula se había movido, y sus palabras fueron «que había hecho algún vicio» y procedió a reforzarla poniendo dos grandes cinturones de hierro (zunchos) en su base.

En 1992, en los trabajos de restauración encaminados al V centenario de la creación de la Compañía, se descubrió el grave problema estructural, pues ya se veían desde el piso del templo grandes grietas en la cúpula, y se procedió a su estudio, restauración y refuerzo.

[7]​ Ignacio Íbero fue también quien diseñó el altar mayor que se realizó entre 1750 y 1757.

Se utilizaban para huerta y como plantación de árboles frutales.

Hasta 1867 los jesuitas se enterraban en la planta baja de la Casa Santa.

En el año 2002 se encargó a Barboa la colocación de dos mosaicos en algunos nichos.

Todo ello forma un conjunto integrado en un exuberante paraje natural donde abundan árboles típicos del país, como hayas y robles.

Al lado del pajar hay una solana bien orientada que servía para poner a secar diferentes productos.

Este altar es de estilo plateresco hecho en caoba por Saturnino López Gómez.

El depósito está organizado en tres secciones, en una de ellas los libros antiguos, del siglo XV al XVIII, unos 15 000 ejemplares.

Los 300 W pronto pasaron a 1000 W. En 1965 cerró temporalmente y al año siguiente se abrió emitiendo en frecuencia modulada.

[15]​ Los servicios que se prestan en el santuario giran en dos diferentes órbitas.

La basílica suele ser el lugar habitual para la celebración de bodas.