En 2005 el cardenal Andrea Cordero Lanza di Montezemolo fue nombrado arcipreste de la basílica.Era una amplia necrópolis y comprendía diversa tipología de tumbas, desde los columbarios de familia a las pequeñas capillas funerarias a menudo decoradas con frescos y estuco.], tanto él como San Pedro habrían sufrido martirio ese mismo año.Según la tradición, una matrona (llamada Lucina, pero el nombre probablemente es fruto de las leyendas posteriores) dispuso una tumba para sepultar los restos del apóstol.Hay que imaginarse una tumba pobre, un sarcófago junto a otras sepulturas de todo tipo y extracción social, más o menos como la de Pedro en la necrópolis vaticana.Bajo el reinado conjunto de los emperadores Teodosio I (379-395), Graciano (367-383) y Valentiniano II (375-392) fue erigida la basílica cuya estructura permanecerá en pie hasta el desastroso incendio de 1823.La entrada se colocó hacia el río Tíber, en lugar de hacia la vía Ostiense, y esta es la orientación actual, utilizando la actual basílica parte de las estructuras murales que sobrevivieron al incendio.Fue construido por Cirade, llamado "Profesor Mechanicus" que proyectó un plan de cinco naves y un pórtico con cuatro arcos.El poeta cristiano Prudencio (348-h. 413) describe los esplendores del monumento en unas pocas pero expresivas líneas.Se dedicó también a los santos Taurino y Herculano, mártires de Ostia en el siglo V, se le llamó la basilica trium Dominorum 'basílica de los tres señores'.Los servicios eran atendidos por un cuerpo especial de clérigos que había sido instituido por el papa Simplicio (m. h. 483).Las papas continuaron siendo generosos con el monasterio; la basílica resultó nuevamente dañada durante las invasiones sarracenas del siglo IX, siendo saqueada en 847.La estructura de la basílica no sufrió ulteriores cambios hasta el papado de Sixto V (1585-1590), el cual, aparte de desmantelar algunas estructuras en torno al altar, hizo descubrir la confesión gregoriana creando una confesión descubierta, que permaneció así hasta el incendio.El papa León XII se ocupó de la reconstrucción del edificio.Se eligió guardar el plan paleocristiano y construir un nuevo edificio.La Santa Sede eligió el proyecto de Giuseppe Valadier, pero la comisión para la reconstrucción confió los trabajos a Pasquale Belli.La crónica del monasterio benedictino unido a la basílica menciona, al hablar de la reconstrucción posterior al incendio, que se encontró un gran sarcófago de mármol encima del cual había dos losas o tablas de madera con las palabras "Paulo Apostolo Mart(yri)" (A Pablo, el Apóstol y Mártir).Eso parece confirmar la tradición unánime y concorde, según la cual se trata de los restos mortales del apóstol san Pablo».Las naves y el crucero de la basílica tienen grandes medallones que contienen retratos, hechos en mosaico sobre piedra, de todos los papas que ha tenido la Iglesia católica.[8] Existen un gran número de ellos, por lo que hay medallones vacíos preparados para eventuales futuros papas.[9] Cabe decir además, que los pontífices reconocidos como santos tienen una aureola en su cabeza en su respectivo mosaico.
