Estas acusaciones fuero adoptadas ávidamente por opositores posteriores a la Iglesia católica, como el protestante inglés John Foxe.

En 1046, al fallecer Gregorio VI, Hildebrando ingresa como monje en el monasterio de Cluny, donde adquirirá las ideas reformistas que regirán el resto de su vida y que le harán encabezar la conocida Reforma gregoriana.

La escolástica predominaría en las escuelas catedralicias y en los estudios generales que dieron lugar a las universidades medievales europeas hasta mediados del siglo XV.

[8]​ A comienzos del siglo XI, ante un papado impotente ante las facciones nobiliarias, se verificó un auténtico cesaropapismo con el emperador Enrique III (1039-1056), verdadero dispensador de cargos eclesiásticos.

En todo el mundo cristiano comienza a reivindicarse la libertad de la Iglesia, principalmente para nombrar sus funcionarios.

El papa es señor supremo del mundo, todos le deben sometimiento, incluidos los príncipes, los reyes y el propio emperador.

Estas pretensiones papales llevaban claramente a un enfrentamiento con el emperador alemán en la disputa conocida en la historiografía como «Querella de las Investiduras», que inicia cuando, en un concilio celebrado en 1075 en Roma, Gregorio VII renueva la prohibición de la investidura por laicos.

Esta prohibición no fue admitida por el nuevo rey alemán Enrique IV que siguió nombrando obispos en Milán, Spoleto y Fermo, territorios colindantes con los Estados Pontificios, por lo que el papa intentó intimidarle mediante la amenaza de excomunión y de la deposición.

Esta segunda excomunión no obtuvo los efectos de la primera ya que los obispos alemanes y lombardos apoyaron a Enrique IV quien, en un concilio celebrado en Brixen en 1080, proclama nuevo papa a Clemente III y marcha al frente de su ejército sobre Roma que le abre sus puertas en 1084.

Gregorio VII se refugió en el Castillo Sant'Angelo esperando la ayuda de sus aliados normandos capitaneados por Roberto Guiscardo.

Durante la querella de investiduras, Gregorio VII estableció alianzas con los Estados medievales europeos circundantes.

Ladislao igualmente había luchado por el trono contra su primo Salomón, quién pretendió entregar como vasallo el reino húngaro al emperador Enrique IV.

Sin embargo, fue Gregorio VII quien en el siglo XI ordenó destruir todas las copias que se encontrasen de sus poemas por considerarlos inmorales.

Entre los escritos del papa Gregorio VII, la carta que envió a Al-Nasir, príncipe hammadita de Béjaïa (Argelia), sigue siendo famosa por su benevolencia hacia el Islam.