La Provincia Libre tuvo un gobierno y constitución provisional hasta su anexión a la Gran Colombia en 1822, constituyéndose en el departamento de Guayaquil.
En ella se constata la condición ambigua y provisional del nuevo Estado con respecto a su estatus jurídico.
La carta Fundamental del Estado entregó el poder a un triunvirato integrado por Olmedo, Ximena y Roca.
[10] Este sería el primer territorio liberado después del fracaso que supuso el Estado de Quito.
Sin embargo, y al igual que otras consideraciones en torno a la independencia guayaquileña, no hay una opinión unánime de los historiadores.
Aun así, Simón Bolívar personalmente declararía que una Guayaquil independiente no solo era inconveniente a los intereses de la Gran Colombia, sino que también consideraba que su existencia era algo irracional frente al mapa político de Sudamérica, según revelan instrucciones dadas a Sucre por parte del secretario de Bolívar.
Las aguas del Plata, Magdalena, Rímac y Guayaquil, se reunieron formaron un torrente, que escalando el Pichincha, ahogaron en su falda á la tiranía.
fue la aurora del brillante día en que la Libertad, con aire majestuoso, debía pasearse sobre la orgullosa cima de Los Andes.
Cuando nos propusimos ser libres no podíamos dejar gemir en la opresión á los pueblos que nos rodeaban: la empresa era grandiosa, y los tiranos miraron con desdén nuestro noble arrojo...
Quito es ya libre: vuestros votos están cumplidos; la Providencia os lleva por la mano al Templo de la Paz.
Algunos historiadores han querido ver en estas expresiones públicas un deseo anexionista a Colombia o a Perú, y otros de que el gobierno guayaquileño tenía intención de mantenerse soberano.
La entrevista no tenía entre sus puntos el destino de la Provincia como mal se suele afirmar.
Ante ello, la delegación peruana, presidida por Salazar Baquijano, se retiraría de Guayaquil, considerando su misión terminado al ya no ser un estado independiente, llegándose a embarcar, junto al almirante Blanco Encalada, el general José de La Mar y el personal de la delegación, en la fragata “Procteror”.
Sin embargo, según atestiguo Gerónimo Espejo, también se unieron a la fragata José Joaquín de Olmedo, Rafael Ximena (con su esposa Dolores Roldan), Francisco Roca, Esteban Amador y Francisco Ugarte, escapando de las posibles represalias del partido bolivariano dominante.