La bandera está dividida en 5 franjas horizontales, tres de ellas celestes y dos blancas.

Además en la franja celeste central están tres estrellas blancas.

En 1952 don Pedro Robles Chambers, gracias a los acertados trabajos que previamente había realizado José Gabriel Pino Roca, así como a un conjunto de documentos inéditos que le facilitara el Dr. Pedro José Huerta, obtuvo la reconstrucción exacta del escudo colonial de la ciudad de Guayaquil, en el que se puede apreciar -en su tercio inferior- al río Guayas representado por cinco franjas, tres de ellas azules y las dos restantes blancas.

[3]​ Algunos historiadores afirman que representan las tres principales ciudades de la Provincia Libre de Guayaquil, las cuales son: Portoviejo, Machala y la capital Guayaquil.

No hay documento que soporte la teoría de las tres ciudades.