Posteriormente estudió táctica militar y aprendió jurisprudencia en una notaría de Hacienda.
[3] Al grito de "Federación o muerte" se inicia en Tabasco la llamada Revolución federalista encaminada a derrocar al gobernador centralista José Ignacio Gutiérrez y encabezada por Fernando Nicolás Maldonado, y apoyada por muchos liberales como Agustín Ruiz de la Peña, Justo Santa Anna, José Víctor Jiménez y otros más.
Anaya formó una Junta Electorál Consultiva, que tendría la misión de elegir a un gobernador interino que se encargara de instaurar el federalismo en Tabasco llamando a nuevas elecciones.
Al ser nombrado Pedro Requena gobernador interino, tuvo que enfrentar los bombardeos de la escuadra texana fondeada en el río Grijalva, entablando pláticas el gobernador con el comandante Moore, para disuadirlo de no continuar con el ataque a la población civil explicándole que ese trato lo había hecho Moore con Juan Pablo de Anaya, y que el gobierno no contaba con los recursos para solventar su exigencia, a lo que Moore accedió, suspendiendo el bombardeo y retirándose de la capital.
[9] Posteriormente, fue elegido Diputado al Congreso local, y más tarde de acuerdo a las bases del Plan de Tacubaya, fue elegido representante tabasqueño, pero no aceptó tal nombramiento.
Ejerció como presidente de la Junta del Comercio en San Juan Bautista.