Contaba con una población de 7,387 habitantes en 2020 lo que la hace la segunda cabecera municipal menos poblada del estado.
En 1599, la representación eclesiástica pasó a Usumacinta (poblado en la municipalidad de Tenosique), pero en 1639 Jonuta es designado centro parroquial.
Debido principalmente al aislamiento en que se encontraba la población, en 1660, piratas ingleses se apoderan por primera ocasión de esta población, saqueándola y provocando la huida de los habitantes.
Fue hasta 1785 en que por fin fue abierta una ruta terrestre para comunicar a la población de Jonuta con la capital del estado pasando por Tepetitán y Macuspana, y ese mismo año el gobierno colonial autorizó al pueblo a elegir a sus autoridades; don José de León fue el primero en recibir el bastón de mando.
Sin embargo, esas obras sirvieron de muy poco para rescatar al poblado del atraso y abandono.
[5] Gutiérrez gobernó con mano dura y persiguió a sus enemigos políticos, lo que provocó el descontento de la población y el alzamiento militar de los federalistas.
El 19 de septiembre de 1866, Juan Ferré, jefe de las armas en Jonuta, y los señores J. Silverio Cáceres, M. Ocampo y José del C. Garrido, entre otros, informan al gobierno del estado sobre la ruina y miseria en que dejaron esta población los jefes franco traidores.
[7] Durante la persecución religiosa desatada en Tabasco por el Gobernador Tomás Garrido Canabal, en 1929, la iglesia del Cristo Negro o Señor de la Salud ubicada en la villa de Jonuta, es destruida por los anticlericales garridistas.
También se comunica con la capital del estado, por la carretera federal n.º 186 Villahermosa-Chetumal, hasta el entronque "Zapatero" en el km 101 y de ahí por la carretera interestatal Zapatero-Jonuta recorriendo 45 km.
Existe también la carretera interestatal Jonuta-Palizada-San Joaquín, que comunica a Jonuta con las poblaciones de Campeche.
En la misma sala se encuentran vitrinas que contienen una variedad de muestras de cerámicas, figurillas zoomorfas y antropomorfas; además se exhiben objetos hallados en la zona pero procedentes de otras regiones, que prueban el intenso comercio que se tuvo con otros pueblos y culturas.
En el segundo espacio hay una recámara antigua con mobiliarios austríacos, ropero, reloj, espejo y una máquina de coser.
La mayoría de las piezas que se exhiben en este museo fueron donadas por el profesor Omar Huerta Escalante, conocido y estimado en la comunidad por su labor de rescate del patrimonio arqueológico jonutense.
Otro atractivo turístico de la ciudad, lo constituye el "Playon del Usumacinta" el cual en Semana Santa es muy visitado por bañistas locales quienes se deleítan bañándose en las aguas del río.
También en diferentes fechas del año se llevan a cabo torneos de pesca en las caudalosasa aguas del río Usumacinta el cual pasa a un costado de la ciudad.