Su cabecera municipal es la ciudad de Jonuta y cuenta con una división constituida, además, por 38 ejidos, 54 rancherías, 4 poblados, 1 fraccionamiento, 4 colonias urbanas, 2 colonias rurales y un nuevo centro urbano.

Esta parece ser la más acertada, ya que se trata de una población maya.

Los habitantes de Xicalango fueron trasladados a Xonuta, (la que fue rebautizada con la pronunciación española de Jonuta), una población chontal en las márgenes del río Usumacinta que para entonces ya había visto pasar sus años de esplendor, pero era visto por los españoles como un sitio seguro y estratégico para el comercio entre la costa y el interior.

En 1599, la representación eclesiástica pasó a Usumacinta (poblado en la municipalidad de Tenosique), pero en 1639 Jonuta es designado centro parroquial.

Una gran plaga de langostas en 1767 afectó tanto a los jonutecos que en 1784 la población solamente contaba con 131 vecinos distribuidos en 25 casas.

Aunque la tentativa de exterminio no tuvo efectividad, el despoblamiento, la decadencia y el aislamiento, abrieron paso a las actividades ilícitas como el contrabando y la evasión fiscal, práctica que dejaba muchos beneficios a los hacendados, entre ellos los propietarios de San Francisco que obstaculizaron la apertura de un camino que uniría Jonuta con la capital del estado.

No obstante, la ruta fue abierta pasando por Tepetitán y Macuspana en 1785, año en que el gobierno colonial autorizó al pueblo a elegir a sus autoridades; don José de León fue el primero en recibir el bastón de mando.

Posteriormente, la división política del estado se hizo por partidos, y Jonuta pasó a ser uno de ellos.

La superficie de este municipio es regularmente plana, con algunos lomeríos que no sobrepasan los 30 metros.

En esta parte, se desprenden hacia la izquierda el río Chico y San Antonio.

En lo referente a la pesca, el municipio cuenta con 14, 667 hectáreas de aguas interiores en donde se capturan las siguientes especies: mojarra, pejelagarto, pigua, robalo, bobo, guabina y topén.

Los principales atractivos turísticos del municipio de Jonuta, se localizan en la cabecera municipal.