Sin embargo, el gobernador Sentmanat no le permitió la entrada a Tabasco, pretextando que los soldados de Ampudia estaban enfermos de "vomito" adquirido en Campeche, y eso ponía en peligro a la población, por lo que Ampudia, recibió órdenes del Presidente Antonio López de Santa Anna de atacar y tomar la capital del estado San Juan Bautista.

Ampudia entró por el río Grijalva, llegando con sus buques a la capital, iniciando el bombardeo y desembarco, enfrentándose a las tropas de Sentmanat, a quien derrotó finalmente el 11 de julio de 1843 en la batalla por la capital del estado, teniendo que emprender Sentmanat la huida y abandonar San Juan Bautista.

[1]​ La capital quedó destruida por los bombardeos y desolada por la cantidad de muertos.

[1]​[4]​ Sin embargo, no pudo capturar a Sentmanat, quien logró huir y esconderse en la selva, por donde anduvo vagando varios días.

[7]​ Después de fusilar a Sentmanat, Ampudia ordenó trasladar el cadáver a "lomo de mula" a la capital del estado San Juan Bautista, y mandó decapitar el cadáver y colgar su cabeza en una jaula en la Casa de Gobierno, como escarmiento y advertencia para los rebeldes.