Para tal fin, unió su contingente al del tabasqueño Fernando Nicolás Maldonado y al de Juan Pablo de Anaya con quienes sitió la capital del estado.
Al grito de Federación o muerte estalló en Tabasco una cruenta guerra civil llamada revolución federalísta, en protesta por el nombramiento como gobernador del General José Ignacio Gutiérrez y de los múltiples abusos cometidos por este contra la población civil.
El alzamiento inició a finales de 1839 en Jonuta en donde se levantó en armas Fernando Nicolás Maldonado junto con sus hermanos Pánfilo, Pomposo, Eulalio y José María.
En 1840 los alzamientos se generalizaron en Tepetitan, Macuspana, Teapa, Tacotalpa, Jalapa, Cunduacán y Frontera.
El gobernador Gutiérrez solicitó apoyo al presidente Anastasio Bustamante, quien le mandó artillería del Batallón de Tehuantepec, y del Batallón de Acayucan, quienes se trasladaron a Huimanguilllo para ir sobre los rebeldes.
A mediados de septiembre, Francisco de Sentmanat, dio un duro golpe a los centralistas cuando derrotó en la Chontalpa a Los Voluntarios de la Patria, logrando capturar al jefe centralista el General Evaristo Sánchez, quien era el comandante militar del estado y principal jefe militar después del gobernador Gutiérrez.
Ese mismo día se retiró Sentmanat en forma provisional del cargo de Gobernador y Comandante Militar del Departamento, dejando el cargo en Amalio Alarcón.
Gobernador y Comandante General de este Departamento, se ha encargado interinamente de ambos cargos, a Amalio Alarcón, que es el que la ley designa en semejantes casos".
Durante su gobierno se construyó el Colegio de Nuestra Señora del Pilar, así como un liceo al que asistió entre otros Manuel Gil y Sáenz, se instalaron el Hospital Militar en 1842, el Hospital de La Caridad en 1843 y el Hospital Castrense en la villa de Teapa, se introdujo el alumbrado público a base de faroles con mecheros de petróleo en la capital San Juan Bautista, se construyeron diversos caminos, se prohibió mantener en prisión a los peones por más de 48 horas salvo por motivos justificados, y se evitó la especulación y el vicio.
[2] El gobernador Sentmanat había aumentado su popularidad y prestígio tanto dentro de Tabasco, como con el Gobierno Central, por lo que decidió tomar parte en las acciones contra Yucatán, que se encontraba separado de la República.
[11] La capital quedó destruida por los bombardeos y desolada por la cantidad de muertos.