Debido a su destacada participación durante la revolución federalista, en 1845 Bruno es nombrado jefe militar de San Juan Bautista.

[3]​ Juntos derrocaron al gobernador José Víctor Jiménez y declararon a Tabasco separado de México.

Ante esta situación Bruno negoció reconocer al Jiménez como gobernador a cambio de quedarse con la Comandancia general.

Sin embargo, su enemistad con el gobernador, provocó una nueva revuelta, ya que los seguidores de Bruno intentaron derrocar al gobernador, pero fueron nuevamente derrotados por las tropas chiapanecas al mando del español Manuel Peláez quien expulsó a Bruno del estado y se quedó con la comandancia.

El general Domingo Echegaray, ordenó al general Miguel Bruno que abandonara el fortín para dirigirse al Cuartel General en la capital, este error del comandante Echegaray fue definitivo, pues Porter con 60 infantes de marina se apoderó de la fortaleza, formando un segundo flanco de ataque a la capital San Juan Bautista, este por tierra.

[5]​ con lo que derrotan a las fuerzas tabasqueñas y el Comodoro Matthew C. Perry se apodera de la capital del estado, nombrando al General Vant Brunt Gobernador provisional.

Las fuerzas tabasqueñas instalaron su campamento general en el pueblo de Tamulté, cercano a la capital, y a partir de ese momento, Miguel Bruno, organizó y encabezó a la guerrilla tabasqueña que hostigó al ejército norteamericano al grado tal que "...todos los días amanecían soldados estadounidenses muertos en las calles de la ciudad".

[7]​ Los norteamericanos dominaron la capital durante cinco semanas con grandes dificultades, pues estaba casi desolada y paralizada.

[7]​ Derrotados, los norteamericanos desocuparon la ciudad en la que permanecieron 35 días, después de los cuales el Comodoro Perry, decidió retirar a su ejército y abandonar Tabasco.

Sin embargo, en agosto de 1848, el gobernador entró en conflicto con Bruno quien declarándose en rebeldía desconoció al gobernador Justo Santa Anna armando una revuelta en su contra, por lo que el gobierno central apoyando al gobernador, designó al español Manuel Peláez, como nuevo comandante general del estado, sin embargo Miguel Bruno se negó a entregar la comandancia.

[12]​[13]​ [14]​[2]​ Este hecho causó tristeza e inconformidad en la gran mayoría de la población debido a que Bruno era considerado un patriota y gran defensor de la capital durante la invasión estadounidense al estado, por lo que el gobernador Santa Anna fue duramente criticado.

[2]​ En su honor, varias calles de ciudades tabasqueñas, incluida una en la capital del estado, llevan su nombre.