Y al fallecer esta contrajo segundas nupcias con la señorita Margarita Marmolejo, nativa de Yautepec, Morelos.En octubre de 1842 se embarcó en el bergantín Mexicano, saliendo con destino hacia Yucatán[2] para combatir a los rebeldes separatistas yucatecos.Por tal motivo, Ampudia decidió atacar Tabasco, derrotando a Sentmanat, al que decapitó y exhibió su cabeza como escarmiento.[1] Por lo anterior, Juan Bautista Traconis sería nombrado Gobernador y Comandante General de Tabasco[5] y al poco tiempo enfrentaría el ataque de las tropas norteamericanas durante la Intervención estadounidense en México.[6] Esta desobediencia le traería más tarde graves consecuencias, pues cuando solicitó apoyo con armas, municiones y dinero para fortalecer la defensa de Tabasco en contra del invasor norteamericano, esta petición no fue atendida.La flotilla norteamericana inició entonces el bombardeo despiadado,[7] iniciando la que se conoce como la Primera Batalla de Tabasco.Al amanecer del día 26 de octubre, los estadounidenses reiniciaron el bombardeo.Perry respondió con un bombardeo inmisericorde, matando y destruyendo casas sin ton ni son, hasta que cansado, después de intentar tomar la plaza hasta en cinco ocasiones, pidió una tregua y decidió retirarse hacia Frontera, sin poder tomar la ciudad.Ninguna otra fuerza estadounidense similar en número y armamento a la que se enfrentó Traconis, fue vencida durante una invasión en el mundo.Más tarde sería absuelto y participaría en la defensa del Convento de Churubusco.El día 4 fueron hechos presos algunos religiosos del convento de Santo Domingo.Traconis renunció a su cargo y fue sustituido el 18 de octubre del mismo año por el general José García Conde.[4] El presidente Ignacio Comonfort lo nombró después Comandante del Batallón de Aguascalientes.
Nicho de Juan Bautista Traconis en el Museo Panteón San Fernando de la Ciudad de México.
