Regresó días después y llenó diez latas, las que envió a Nueva York para ser analizadas.

[3]​ Durante su estancia en San Juan Bautista, Gil y Sáenz fundó un colegio con sus propios recursos.

Allí se enseñaba Gramática Castellana, Latín, Inglés, Francés, Teneduría de Libros y Filosofía.

Manuel Gil y Sáenz publicó las siguientes obras:[6]​ Entre todas ellas, destaca por su importancia el Compendio Histórico, Geográfico y Estadístico del Estado de Tabasco, ya que fue el primer libro en registrar la historia del estado de Tabasco.

Gracias a este documento se conocen muchos de los hechos y acontecimientos históricos que sucedieron desde la época prehispánica hasta finales del siglo XIX, y que dada su relevancia, fue reeditado por el gobierno del Estado en 1979.