[2] Fue partidario decidido del Plan de Iguala, llegando a abrazar la causa independentista y entró con Iturbide a la Ciudad de México como miembro del victorioso Ejército Trigarante.Centralista declarado, en 1838, Ampudia defendió Matamoros del ataque de los federalistas, a los que derrotó en el sitio denominado Cruz Verde.Al año siguiente ocupó Monterrey y venció en Gachupines, Lomas del Coronel y Paso de las Escobas a las fuerzas federalistas comandadas por Pedro Lemus.Un año después, en 1843 fue enviado a Yucatán a combatir a los rebeldes yucatecos, y después se dirigió con su tropa a Tabasco, sin embargo, el gobernador de esta última entidad, el también cubano Francisco de Sentmanat, no le permitió la entrada al estado, pretextando que los soldados de Ampudia estaban enfermos de "vomito", y eso ponía en peligro a la población, por lo que Ampudia, recibió órdenes del Presidente Santa Anna de atacar y tomar la capital del estado San Juan Bautista.Una vez que logró derrotar a las fuerzas tabasqueñas, Ampudia ocupó la capital del estado y nombró como gobernador del estado, a José Julián Dueñas.[7] Este hecho causó un escándalo en todo el Departamento y fuera de él, ya que muchos periódicos nacionales dieron cuenta de eso, lo que aumentó las críticas a Ampudia por el fusilamiento y posterior decapitación del cuerpo calificándolo como "salvajismo".[9] Ampudia gobernó con mano dura, persiguiendo y reprimiendo a sus adversarios políticos.Durante su corto tiempo al frente del gobierno, concibió la idea de establecer un museo en Monterrey y giró circular a los pueblos del Estado, en 1854, en este sentido.Tras la caída del imperio, Ampudia fue arrestado y enviado a la prisión de Tlatelolco, desconociéndose la fecha en que fue liberado.
El General Ampudia pactando la capitulación de Monterrey con el General Taylor el 24 de septiembre de 1846
