En este primer mandato duró Méndez en su encargo hasta 1844, aunque a mediados de su periodo solicitó licencia para viajar, sustituyéndolo temporalmente en el cargo de gobernador Miguel Barbachano.

En 1846, hubo un pronunciamiento en Campeche, otra vez suscitado por la controversia entre centralistas y federalistas.

Méndez fue nombrado por el Congreso de Yucatán para asumir la gubernatura y retornó al poder.

En ese entonces Méndez proclamó la neutralidad de Yucatán en el conflicto que estallaba entre México y los Estados Unidos por la cuestión texana.

En el extremo de tal situación no tuvo más remedio que convocar a la unidad interna, llamando a Miguel Barbachano para que se reincorporara al estado, comisionándolo para negociar la paz con los indígenas primero y después, renunciando a la gobernatura en favor del propio Barbachano.

Durante esa etapa de su gobierno, Méndez se dedicó a reestructurar la economía del estado y a reorganizar la administración pública, ambas seriamente dañadas por efecto, tanto de la sublevación indígena, como por los conflictos internos entre Campeche y Mérida, que seguían dándose en el estado.

Agotadas sus opciones, nombró a Miguel Barbachano Comisionado para la paz, tratando de usar su influencia.

Méndez tuvo que renunciar para dar paso en el liderazgo del gobierno otra vez a Miguel Barbachano.

Fue entonces cuando el jefe rebelde, Jacinto Pat, acuartelado en Tzucacab puso condiciones para terminar con la guerra, lográndose por parte de Barbachano una línea de negociación que Méndez no había alcanzado.