El movimiento independentista mexicano tiene como marco la Ilustración y las revoluciones liberales de la última parte del siglo XVIII.
Los cambios en la estructura social y política derivada de las reformas borbónicas, a los que se sumó una profunda crisis económica en Nueva España, también generaron un malestar entre algunos segmentos de la población.
La Capitanía General de Yucatán fue una gobernación y zona administrativa perteneciente al Imperio español, creada en 1565, que estaba bajo la dependencia directa del rey para asuntos militares y de gobierno.
Unos meses después se unieron los ilustrados Lorenzo de Zavala, Luis Alonso Peón, Pedro Almeida y José Matías Quintana, siendo este último padre de Andrés Quintana Roo.
En adición a los propósitos educadores que perseguían, también buscaban que se garantizaran los derechos fundamentales del hombre postulados por la Ilustración y el liberalismo, así como la libertad de imprenta, el sufragio para la elección de funcionarios públicos y el respeto a la libertad municipal.
Al cura Vicente María Velásquez se le prohibió celebrar la misa.
Los Sanjuanistas continuaron con su activismo y tras haber lanzado una proclama ciudadana en 1819 para rechazar la tiranía, el gobernador Miguel Castro prohibió las reuniones públicas en la plaza de San Juan.
Así lo consideró Albino Acereto Cortés, historiador yucateco del siglo XIX, en su libro Evaluación histórica de las relaciones políticas entre México y Yucatán, quien a la letra dice: El propio historiador Acereto afirma, según la enciclopedia Yucatán en el tiempo, que mientras en las demás provincias de la Nueva España bastó la lectura del Plan de Iguala para proclamar la independencia de la metrópoli, en Yucatán el proceso fue un poco más complejo ya que, al menos teóricamente, podía la entidad actuar a su arbitrio para elegir el destino que quisiera.
En Yucatán los hechos que condujeron a la proclamación de la independencia fueron del todo incruentos, más allá de las persecuciones políticas que se practicaron desde el poder público hacia los independentistas La independencia se logró habiéndose alcanzado un equilibrio y consenso entre las fuerzas que pudieron haber entrado en pugna y utilizado las armas para dirimir sus diferencias.
[3] Desde temprano en el siglo XIX se habían dado manifestaciones que favorecían la tendencia emancipadora.
En esta reunión todas las partes presentes se pronunciaron a favor de la emancipación.
Dentro de esa euforia algunos miembros del grupo arriaron la bandera mexicana y enarbolaron en su lugar un pabellón que se llamó yucateco.
El primer artículo decía lo siguiente: Mientras esto ocurría en Yucatán, en la Ciudad de México el gobierno centralista del presidente Anastasio Bustamante estaba muy debilitado por los constantes levantamientos armados de la época.
El general Gabriel Valencia que había vencido a las fuerzas del gobierno en Tampico, el general Mariano Paredes y Arrillaga que se había pronunciado en Jalisco y Antonio López de Santa Anna que se había pronunciado en Veracruz, convergieron en la La Ciudadela de la capital.
El gobierno exigía que Yucatán se uniera a México y aceptara todas las leyes del Congreso Constituyente establecido por el dictador veracruzano.
Se exigía además que Yucatán rompiera toda relación con Texas, pues México aún no reconocía la independencia de los texanos.
El ejército santanista fue reforzado por cuatro mil hombres traídos de Veracruz y avanzaron a su siguiente objetivo: Campeche, ciudad que estaba protegida por gruesas murallas, construidas durante la época colonial, para defenderse de los ataques piratas.
Al romper los lazos comerciales con el centro del país mexicano, la economía yucateca se vio profundamente afectada.
Se había logrado la reincorporación a México con un carácter excepcional diferente al del resto de los estados; se reanudó el comercio entre los puertos yucatecos y los puertos mexicanos.
El presidente José Joaquín de Herrera organizó otra vez a la nación bajo un régimen centralista y al revisar los convenios con Yucatán argumentó que eran contrarios a las bases orgánicas de su gobierno.
En efecto, por lo que ve a las facciones políticas en disputa, por un lado estaban los partidarios de Mérida liderados por Miguel Barbachano y por otro lado los partidarios de Campeche, cuyo líder era Santiago Méndez Ibarra.
En Mérida la noticia fue recibida con satisfacción y estaban dispuestos a reincorporarse a la federación mexicana pero la reacción campechana no se hizo esperar y su cabildo se manifestó en contra de la reincorporación, alegando que México estaba en conflicto con Estados Unidos.
La invasión de Estados Unidos a México sería unos meses después en 1847.
La rivalidad entre los caudillos Méndez (facción campechana) y Barbachano (facción meridana) llegó a tal punto que a comienzos de 1847 Yucatán contaría con un gobierno en Campeche y otro en Mérida.
Santiago Méndez, gobernador en turno, viéndose sumamente comprometido y temiendo perder todo frente a los sublevados ofreció la soberanía yucateca a cambio de auxilio económico y militar.
Esta contradicción entre los dos líderes mayas dio, sin embargo, un nuevo rumbo a la conflagración salvándose la población blanca de la derrota total.
Otros dos hechos contribuirían a la declinación del movimiento indígena en ese momento crucial: la muerte del hijo de Cecilio Chi, que dio un golpe anímico severo al caudillo maya que lo hizo menguar en su combativa actitud y que, por otro lado, en apariencia inexplicablemente, por la época del año en que se hallaban, muchos miembros del ejército maya decidieron abandonar momentáneamente la lucha para acudir a sus lugares de origen a realizar las tareas inaplazables, sobre la base de sus tradiciones, de la siembra de sus parcelas.