La República de Yucatán fue un Estado soberano existente durante dos períodos del siglo XIX.

La facción correspondiente a Campeche, encabezada por Santiago Méndez Ibarra no aprobó la proclamación de independencia que habían realizado sus pares legislativos desde Mérida.

Durante el virreinato español la provincia y capitanía de Yucatán abarcaba los territorios actuales de Campeche, Quintana Roo, Tabasco, Yucatán, también le correspondían nominalmente los territorios del norte del Petén y el actual Belice.

Una vez declarada la independencia del Imperio Mexicano, Agustín de Iturbide fue nombrado Presidente de la Regencia; debido a su gran popularidad y prestigio y la Junta Provisional le dio autoridad plena.

Poco después, sin embargo, el imperio fue combatido por un caudillo veracruzano llamado Antonio López de Santa Anna, que defendía la causa republicana.

Agustín I se vio obligado a abdicar y abandonó el país.

[cita requerida] Al sumarse, lo hizo condicionado a que la nueva república mexicana tuviera una organización federal y que cada estado conservara un régimen de soberanía y libertad para «no afectar la felicidad de los yucatecos».

[3]​ Por ese tiempo el gobierno de Estados Unidos estaba ya convencido de la doctrina Monroe (América para los americanos), y pugnaba por expandir sus territorios al sur y al oeste.

Coincide por esa época que México adopta, contra la noción original de la nación, una política centralista.

[3]​ En México, en ese entonces en la anarquía y la desorganización, se luchaba mientras tanto facciosamente por el poder político.

Fue este hecho el que detonó la guerra con los Estados Unidos en 1847 e inmediatamente después la primera intervención estadounidense en México.

[3]​ La Constitución Federal mexicana de 1824, fruto del gobierno republicano que surgió después del imperio iturbidista, satisfacía plenamente los ideales yucatecos, pues definía a los estados como entidades soberanas y con poder de autogobierno, aunque reunidos en la nación mexicana.

[12]​ En México, al paso de los primeros años como nación independiente, se formaron dos corrientes políticas que se disputaban el poder público: los federalistas y los centralistas que pretendían la hegemonía política en el poder central ubicado en la Capital de la república.

Durante este periodo Yucatán estuvo adherido a México como una república federada y autogobernada.

Los federalistas yucatecos se levantaron contra el gobierno mexicano, ahora de ideología centralista.

Dentro de esa euforia algunos miembros del grupo arriaron la bandera mexicana y enarbolaron en su lugar un pabellón que se llamó yucateco.

Desde Yucatán, gobernado entonces por Santiago Méndez Ibarra, se trasladó una comisión encabezada por Justo Sierra O'Reilly, para proponerle a las autoridades tabasqueñas la creación de una república independiente de México conformada por ambas entidades.

[3]​ El general Gabriel Valencia que había vencido a las fuerzas del gobierno en Tampico, el general Mariano Paredes y Arrillaga que se había pronunciado en Jalisco y Antonio López de Santa Anna que se había pronunciado en Veracruz, convergieron en La Ciudadela de la capital.

Se exigía además que Yucatán rompiera toda relación con Texas, pues México aún no reconocía la independencia de los texanos.

[23]​ El acceso entre México central y Yucatán era forzosamente por barco, debido a que no había vías de comunicación terrestre.

El ejército santanista fue reforzado por cuatro mil hombres traídos de Veracruz y avanzaron a su siguiente objetivo: Campeche, ciudad que estaba protegida por gruesas murallas, construidas durante la época colonial, para defenderse de los ataques piratas.

Al romper los lazos comerciales con el centro del país mexicano, la economía yucateca se vio profundamente afectada.

La economía yucateca estaba lastimada y sin el comercio con México la situación se tornó aún más difícil.

La situación duraría poco, pues el gobierno nacional dispuso en febrero de 1844 que las leyes excepcionales en Yucatán eran improcedentes y esto generó gran desasosiego en la península.

La rivalidad entre los caudillos Méndez (facción campechana) y Barbachano (facción meridana) llegó a tal punto que a comienzos de 1847 Yucatán contaría con un gobierno en Campeche y con otro gobierno en Mérida.

[31]​ Una segunda delegación encabezada por Justo Sierra O'Reilly enviada en 1848 a Washington si ofreció sin ambigüedades la anexión de toda la península a los Estados Unidos, un prospecto fuertemente apoyado y promovido por Sierra O'Reilly quien en 1938 público sus diarios de este periodo documentando su viaje y las discusiones sostenidas con políticos estadounidenses.

[32]​[33]​ Con esto, se hizo la oferta formal de Yucatán a los Estados Unidos, una propuesta que interesaba a expansionistas radicales, ultranacionalistas y miembros del Movimiento de la América Joven (Young America Movement).

El gobierno de Santiago Méndez Ibarra actuó rápidamente contra los indígenas; sin discriminación alguna, aprehendió y sacrificó a los caciques de Motul, Nolo, Euán, Yaxkukul, Chicxulub, Acanceh y otros sitios, pero las poblaciones del Sur y el Este fueron cayendo en poder de los rebeldes, que dieron muerte a los habitantes e incendiaron los caseríos.

Pero Cecilio Chi que ejercía la jefatura de los mayas del Este, mucho más radical que Pat, pugnaba por el exterminio total de los blancos y rechazó el convenio.

Poco a poco, este logró recuperar parte del territorio perdido: las ciudades de Izamal, Tunkás, Ticul, Tekax, Sotuta, Cantamayec y Yaxcabá; así como Tihosuco, Calotmul y Valladolid.