El monasterio sobrevivió a la invasión islámica y recibió importantes donaciones, especialmente de reyes navarros.
Aquí un monje escribió las Glosas Emilianenses, los primeros textos escritos en romance ibérico y en euskera.
Viene aquí como ermitaño, cobijándose en una pequeña celda, muriendo a la edad de 101 años y siendo enterrado en una tumba excavada en la roca.
Posteriormente, Gonzalo de Berceo, educado en este monasterio, tradujo esta biografía del latín a versos en lengua vulgar o romance.
Posteriormente en el año 1002, Almanzor incendió este monasterio, provocando la desaparición de la decoración pictórica y estucos mozárabes.
Antes de seguir adelante hay tres cosas importantes para contemplar: Después se entra en el santuario por una puerta que tiene un rústico y arcaico arco sin extradós y sin clave, que denota un rasgo visigodo.
Sumando todo esto, en San Millán pudo conseguirse una nueva y muy importante cultura monástica.
Autoridades, lingüistas, académicos, todos se dieron cita en aquel lugar donde surgió el primer balbuceo escrito de dicha lengua.
En la biblioteca, heredera del Escritorio de San Millán dormía durante siglos un códice latino, Aemilianensis 60, en cuyos márgenes un amanuense había escrito unos apuntes (glosas) en lengua romance, en vasco y en un latín que hoy podríamos llamar «macarrónico».
También pertenece a la segunda mitad del siglo X la "Nodicia de kesos" leonesa, asimismo en romance.
Pero ni esta ni las riojanas pueden considerarse propiamente el origen del español o "la cuna del español", como mediáticamente se dice, sino solo las primeras manifestaciones escritas de una lengua oral que se hablaba no solo en San Millán con anterioridad.