La orden jerónima estuvo muy vinculada con la nobleza castellana, ya que permitían el ingreso de aristócratas laicos.[2] Al principio los frailes se alojaron en algunas casas del terreno y habilitaron una de las mismas como capilla.En 1508 y 1511 regresó Fernando el Católico con su segunda esposa, Germana de Foix.[7] Es probable que Felipe V, durante su estancia en la ciudad entre 1729 y 1733, visitase este monasterio.[4] El monasterio gótico fue reformado a mediados del siglo XVI[9] por un arquitecto desconocido, aunque se cree que pudo haber sido Juan de Herrera, que participó también en la construcción del Monasterio de El Escorial.[10] No obstante, las bóvedas parecen haber sido realizadas por Diego de Riaño.El actual cuerpo de campanas y las columnas son del siglo XVI.[12] En el siglo XVI la Casa Grande de San Francisco en Sevilla también poseía una imprenta propia.[13] En 1624 el monasterio tuvo que contribuir a la hacienda real de Felipe IV con 45 casas.Llegaron unos pocos frailes al convento, aunque el estado de la iglesia la hacía inutilizable.[20] Posteriormente, se utilizó para almacenamiento porcino hasta bien entrado el siglo XX.En 1966 fue comprado por Carmen Iglesias Zubiada, que hizo algunas reformas y restauraciones en el inmueble para convertirlo en una residencia particular.